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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 关于在amber中prep文件的生成
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ww5945

铁杆木虫 (正式写手)

科研探索者

[求助] 关于在amber中prep文件的生成

我最近用amber做了一个含有铂金属元素的配合物的动力学，但是在将其结构用gausssian优化后，把其log文件直接通过Amber中的antechamber生成prep文件时，貌似由于含有铂原子生成不了，所以我想请问各位师兄师姐，应该怎么解决这个问题啊？  头疼
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不谋万世者不足谋一时，不谋全局者不足谋一域
1楼 2011-07-02 20:39:26
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晚致蒙尘

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
3楼2018-09-21 18:56:04
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yyuan8658

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-07-07 15:52:49
ww5945(金币+5): 2011-07-07 22:53:57
估计出错的原因可能是因为没有范德华半径，
这个是需要你在用gaussian计算ESP电荷的时候手动赋值的。
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2011-07-06 23:46:53
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