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鹰羽龙

木虫 (著名写手)

[求助] MS cleave surface

初学MS,有两个问题想请教大家一下,关于晶体切面的。
(1)请问用MS切平面怎么切啊,我看文献说In2O3切(100)面6层原子,这个面一层一层的原子容易数清楚(见图),但是切(111)面6层原子得怎么看啊,看起来好复杂分不清切到哪是6层(见图)

(2)假如切好了之后建真空层,得建在哪个方向啊(ABC)?然后crystal orientation standard是否需要调整?是根据什么啊?
同时上传一份优化后的结构,请大家帮忙切一切终于把图片传上来了
补充一下:是体心立方的晶系





[ Last edited by 鹰羽龙 on 2011-6-30 at 20:51 ]
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鹰羽龙

木虫 (著名写手)

送鲜花一朵
引用回帖:
Originally posted by buct2010 at 2011-07-03 10:27:46:
你先在MS菜单栏的 build 》surface 》cleave surface 的框里选择要切的面(110)或(100)什么的。然后点击 下面的 cleave(见图)。
(1)层数是按照切面后原子的高度区分的,不同高度的原子是不同层。你一般 ...

多谢多谢!请问切好的(111)面氧原子如何用氢饱和?我点了adjust hydrogen,但是没反应氢上不去。我在加真空层之前和之后都试了一下,都不能使用H饱和,不知道怎么回事。help里面的tutorial是说用adjust hydrogen,但是不行,请再帮帮我,谢谢
4楼2011-07-03 15:42:36
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buct2010

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

贺仪(1ST强帖+1): 多谢你的热心帮助!很详细 2011-07-03 10:35:47
鹰羽龙(金币+30): 谢谢指教!!c along z, A in XZ和c along z, B in YZ有啥区别吗? 2011-07-03 11:46:53
引用回帖:
Originally posted by 鹰羽龙 at 2011-06-30 19:20:14:
初学MS,有两个问题想请教大家一下,关于晶体切面的。
(1)请问用MS切平面怎么切啊,我看文献说In2O3切(100)面6层原子,这个面一层一层的原子容易数清楚(见图),但是切(111)面6层原子得怎么看啊,看起来好 ...

你先在MS菜单栏的 build 》surface 》cleave surface 的框里选择要切的面(110)或(100)什么的。然后点击 下面的 cleave(见图)。
(1)层数是按照切面后原子的高度区分的,不同高度的原子是不同层。你一般只需调节cleave surface 的框里 top 、thickness 后面的那两个小箭头来确定厚度,thickness - top 的值为1时,说明是一个最小重复单元《也就是你(111)面的6层原子》你最好下载一篇文献,调节这两个小箭头改变slab 达到与文献一致的效果。(注意,有白框的那一层是顶层,真空层加在它上面)。
(调节好之后build 》crystal 》build vacauum slab 加载真空层,选择厚度就可以了)
(2)真空层默认的是C方向,与你切的表面是平行的,这个不需要调整。建完之后单击右键,选择 lattice parameters 》 advanced 》re-orient to standard(C along Z,B in YZ plan )做这一步的原因是切表面是从bulk 切来的,基矢是bulk 的基矢。但是切完表面后,基矢应该转换为表面的基矢。而真空层沿着C方向。

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3楼2011-07-03 10:27:46
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buct2010

金虫 (正式写手)

★ ★
franch(金币+2): 谢谢回帖交流 2011-07-04 11:06:36
引用回帖:
Originally posted by 鹰羽龙 at 2011-07-03 15:42:36:
多谢多谢!请问切好的(111)面氧原子如何用氢饱和?我点了adjust hydrogen,但是没反应氢上不去。我在加真空层之前和之后都试了一下,都不能使用H饱和,不知道怎么回事。help里面的tutorial是说用adjust hydr ...

你直接在表面的氧原子上加氢就可以了,反正结构是要优化的。点击图中红色的东西就可以加氢了。MS还是要自己多用,很多功能就会了。

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5楼2011-07-03 18:02:08
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鹰羽龙

木虫 (著名写手)

★ ★
送鲜花一朵
franch(金币+2): 鼓励交流 2011-07-04 11:06:59
引用回帖:
Originally posted by buct2010 at 2011-07-03 18:02:08:
你直接在表面的氧原子上加氢就可以了,反正结构是要优化的。点击图中红色的东西就可以加氢了。MS还是要自己多用,很多功能就会了。

谢谢,我本来也这么加的,但是加过很多初始结构感觉不太合理,又不能clean,所以我想看看有没有别的方法加上去更合理一点,谢谢你
6楼2011-07-03 19:15:39
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