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鹰羽龙

木虫 (著名写手)

[求助] MS cleave surface

初学MS，有两个问题想请教大家一下，关于晶体切面的。
（1）请问用MS切平面怎么切啊，我看文献说In2O3切（100）面6层原子，这个面一层一层的原子容易数清楚（见图），但是切（111）面6层原子得怎么看啊，看起来好复杂分不清切到哪是6层（见图）

（2）假如切好了之后建真空层，得建在哪个方向啊（ABC）？然后crystal orientation standard是否需要调整？是根据什么啊？
同时上传一份优化后的结构，请大家帮忙切一切终于把图片传上来了
补充一下：是体心立方的晶系





[ Last edited by 鹰羽龙 on 2011-6-30 at 20:51 ]
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1楼2011-06-30 19:20:14
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

buct2010

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

贺仪(1ST强帖+1): 多谢你的热心帮助！很详细 2011-07-03 10:35:47
鹰羽龙(金币+30): 谢谢指教!!c along z, A in XZ和c along z, B in YZ有啥区别吗？ 2011-07-03 11:46:53
引用回帖:
Originally posted by 鹰羽龙 at 2011-06-30 19:20:14:
初学MS，有两个问题想请教大家一下，关于晶体切面的。
（1）请问用MS切平面怎么切啊，我看文献说In2O3切（100）面6层原子，这个面一层一层的原子容易数清楚（见图），但是切（111）面6层原子得怎么看啊，看起来好 ...

你先在MS菜单栏的 build 》surface 》cleave surface 的框里选择要切的面（110）或（100）什么的。然后点击 下面的 cleave（见图）。
（1）层数是按照切面后原子的高度区分的，不同高度的原子是不同层。你一般只需调节cleave surface 的框里 top 、thickness 后面的那两个小箭头来确定厚度，thickness - top 的值为1时，说明是一个最小重复单元《也就是你（111）面的6层原子》你最好下载一篇文献，调节这两个小箭头改变slab 达到与文献一致的效果。（注意，有白框的那一层是顶层，真空层加在它上面）。
（调节好之后build 》crystal 》build vacauum slab 加载真空层，选择厚度就可以了）
（2）真空层默认的是C方向，与你切的表面是平行的，这个不需要调整。建完之后单击右键，选择 lattice parameters 》 advanced 》re-orient to standard（C along Z，B in YZ plan ）做这一步的原因是切表面是从bulk 切来的，基矢是bulk 的基矢。但是切完表面后，基矢应该转换为表面的基矢。而真空层沿着C方向。
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鹰羽龙
3楼2011-07-03 10:27:46
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nwx_ky

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by buct2010 at 2011-07-04 08:34:24:
不客气，你先这样加吧，反正结构都要弛豫的。

大师，你很牛太厉害了，我在这也有一个问题，麻烦你帮帮忙。如何在castep中加一个离子，就是表面吸附一个离子：如Al(111)面吸附Cl离子，这个离子在哪设置，我只知道用castep吸附原子的，但是不知怎么吸附离子。如何将原子改成离子。谢谢
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梦洁
8楼2011-07-04 08:48:30
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鹰羽龙

木虫 (著名写手)
★ ★
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franch(金币+2): 鼓励交流 2011-07-04 11:06:59
引用回帖:
Originally posted by buct2010 at 2011-07-03 18:02:08:
你直接在表面的氧原子上加氢就可以了，反正结构是要优化的。点击图中红色的东西就可以加氢了。MS还是要自己多用，很多功能就会了。

谢谢，我本来也这么加的，但是加过很多初始结构感觉不太合理，又不能clean，所以我想看看有没有别的方法加上去更合理一点，谢谢你
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6楼2011-07-03 19:15:39
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鹰羽龙

木虫 (著名写手)
没人愿意回答
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2楼2011-07-01 21:55:42
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鹰羽龙

木虫 (著名写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
Originally posted by buct2010 at 2011-07-03 10:27:46:
你先在MS菜单栏的 build 》surface 》cleave surface 的框里选择要切的面（110）或（100）什么的。然后点击 下面的 cleave（见图）。
（1）层数是按照切面后原子的高度区分的，不同高度的原子是不同层。你一般 ...

多谢多谢！请问切好的（111）面氧原子如何用氢饱和？我点了adjust hydrogen，但是没反应氢上不去。我在加真空层之前和之后都试了一下，都不能使用H饱和，不知道怎么回事。help里面的tutorial是说用adjust hydrogen，但是不行，请再帮帮我，谢谢
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4楼2011-07-03 15:42:36
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buct2010

金虫 (正式写手)
★ ★
franch(金币+2): 谢谢回帖交流 2011-07-04 11:06:36
引用回帖:
Originally posted by 鹰羽龙 at 2011-07-03 15:42:36:
多谢多谢！请问切好的（111）面氧原子如何用氢饱和？我点了adjust hydrogen，但是没反应氢上不去。我在加真空层之前和之后都试了一下，都不能使用H饱和，不知道怎么回事。help里面的tutorial是说用adjust hydr ...

你直接在表面的氧原子上加氢就可以了，反正结构是要优化的。点击图中红色的东西就可以加氢了。MS还是要自己多用，很多功能就会了。
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鹰羽龙
5楼2011-07-03 18:02:08
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buct2010

金虫 (正式写手)
★ ★
franch(金币+2): 谢谢回帖交流 2011-07-04 11:07:10
引用回帖:
Originally posted by 鹰羽龙 at 2011-07-03 19:15:39:
谢谢，我本来也这么加的，但是加过很多初始结构感觉不太合理，又不能clean，所以我想看看有没有别的方法加上去更合理一点，谢谢你

不客气，你先这样加吧，反正结构都要弛豫的。
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7楼2011-07-04 08:34:24
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buct2010

金虫 (正式写手)
★
franch(金币+1): 谢谢回帖交流 2011-07-04 18:15:44
引用回帖:
Originally posted by nwx_ky at 2011-07-04 08:48:30:
大师，你很牛太厉害了，我在这也有一个问题，麻烦你帮帮忙。如何在castep中加一个离子，就是表面吸附一个离子：如Al(111)面吸附Cl离子，这个离子在哪设置，我只知道用castep吸附原子的，但是不知怎么 ...

我可不是什么大师，呵呵。我算的是吸附氧分子的，离子的没算过，你可以发个求助帖。
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9楼2011-07-04 15:48:55
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jixiao0526

金虫 (小有名气)
谢谢罗，很有帮助
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10楼2011-12-12 14:11:51
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