| 查看: 1789 | 回复: 1 | |||
[交流]
分子模拟，ghost atom
|
| 学了这么久的分子模拟。但对分子模拟中的ghost atom 还是不太懂。不知道是不是一个原子的周期性的影像原子。 |
回复此楼» 猜你喜欢
312求调剂
已经有5人回复
-
0703调剂，一志愿天津大学319分
已经有9人回复
-
085600材料与化工301分求调剂院校
已经有10人回复
-
专硕0854初试考材科基，求调剂
已经有3人回复
-
求调剂
已经有8人回复
-
085600，320分求调剂
已经有17人回复
-
297分083200求助
已经有3人回复
-
求调剂
已经有7人回复
-
一志愿北交大材料工程总分358求调剂
已经有5人回复
-
一志愿南京航空航天大学 材料与化工329分求调剂
已经有7人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 如果计算分子筛骨架中各原子的电荷
已经有4人回复
- 金属Pt和C，O，H，原子的之间的相互作用用什么势来描述？
已经有4人回复
- 如何 用高斯 固定部分原子 进行优化
已经有4人回复
- 全原子力场与RDF的分析是否有关系？如何对原子基团或者分子进行RDF分析？
已经有11人回复
- 如何构建supercell使得supercell中的原子按顺序标号
已经有3人回复
- 求助晶体建模的问题--原子坐标
已经有4人回复
- 蒙特-卡罗模拟中分子的原子数一般能有多少？
已经有6人回复
- 【求助】lmp_doc答疑1
已经有3人回复
- 【求助】如何在siesta中设置ghost state原子的计算
已经有16人回复
- 【求助】如何固定某几个原子不动？
已经有20人回复
» 抢金币啦！回帖就可以得到:
-
天津大学智能人机交互团队招收机械非全硕士带薪培养
+1/487
-
长沙理工大学招收专硕调剂生
+1/54
-
材料与化工专业有大量调剂指标
+1/52
-
欢迎调剂到赣南师范大学智能制造与未来能源学院
+2/46
-
欢迎加入赣南师范大学智能制造与未来能源学院
+2/44
-
江西科技师范大学分析化学专业段学民教授课题组招聘调剂学生
+1/41
-
国家级人才课题组招研究生 （催化方向）调剂
+1/37
-
河南工学院诚聘优秀凝聚态物理和电子科学与技术相关专业硕博研究生
+2/36
-
湖南工业大学智能传感与脑机接口课题组招收生物医学工程博士研究生1名
+1/19
-
中南林业科技大学《微生物学》26年博士生招生（“申请-审核”录取）-4月22日截止
+1/13
-
河南理工大学化学化工学院招收材料、化工类专业调剂研究生
+1/9
-
中国农业大学资源与环境学院 - 招聘杰出人才（教授-专技四级）、青年研究员（副教授-�
+1/8
-
齐齐哈尔大学李莉课题组诚招2026级考研调剂生（学硕和专硕）
+1/7
-
江西水利电力大学08工学接收调剂
+1/6
-
长江师范学院 材料工程 招收调剂学生
+1/6
-
【调剂上岸】985联合培养！1007/1055/08/07等，不限专业，想联培的速来！
+1/5
-
大连工业大学“轻工技术与工程”石海强教授课题组招收硕士研究生
+1/4
-
调剂招生
+1/3
-
河南城建学院生命科学与工程学院（085700资源与环境方向）有调剂名额
+1/2
-
攀枝花学院化学工程、资源与环境硕士接受08（工学）打头专业调剂
+1/1
★
hyliao(金币+1): 谢谢参与
hyliao(金币+1): 谢谢参与
|
摘自百度回答者Jersey_zheng ： Lammps给的介绍没有过分强调这个东东，所以一般使用时也不用刻意注意这个。按照说法，这个是lammps多cpu并行计算时用到的处理方式。本来，一个cpu会只计算分配给它的部分原子。但是，问题在于如果某些原子在边界上，边界另一边相邻着的其他原子被分到了别的cpu，这样当前cpu就感知不到这些原子的作用力了。可原子间作用力在某些材料中会有很长距离（cutoff）；所以当前cpu分配到的最远的原子所相邻的被分配到别的cpu的原子会保留一份数据给当前cpu。也就是说这些边界上的原子会同时重复存在于多个cpu各自的原子列表里。于是我猜这些跨边界到别的cpu（但不属于别的cpu）一同参与作用力计算的的原子被给了个名叫“ghost atoms”。 有点啰嗦，打个比方不一定对。假设系统有10个原子，左右两个cpu并行处理，左分到了1-5个，右分到了6-10个。如果该材料的cutoff要2个原子的距离，那么为了保证左cpu的第5个原子能感受到与其相邻的6,7号原子作用力，要把右cpu的6,7号原子数据给共享给左cpu，所以给了一份数据到左cpu。于是左cpu的原子列表变成了1-7号原子。同理，右cpu的原子列表变成了4-10号原子。左cpu的6,7号原子本不属于它，但信息被放了进来用于计算，所以这两个原子成了“ghost atoms”。 |
2楼2019-09-04 10:50:07
