应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 分子模拟，ghost atom
21/1返回列表
查看: 1768  |  回复: 1
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

hyliao

铜虫 (小有名气)

[交流] 分子模拟，ghost atom

学了这么久的分子模拟。但对分子模拟中的ghost atom 还是不太懂。不知道是不是一个原子的周期性的影像原子。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2011-06-28 09:40:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ppmake_it

铜虫 (小有名气)
★
hyliao(金币+1): 谢谢参与
摘自百度回答者Jersey_zheng ：
Lammps给的介绍没有过分强调这个东东，所以一般使用时也不用刻意注意这个。按照说法，这个是lammps多cpu并行计算时用到的处理方式。本来，一个cpu会只计算分配给它的部分原子。但是，问题在于如果某些原子在边界上，边界另一边相邻着的其他原子被分到了别的cpu，这样当前cpu就感知不到这些原子的作用力了。可原子间作用力在某些材料中会有很长距离（cutoff）；所以当前cpu分配到的最远的原子所相邻的被分配到别的cpu的原子会保留一份数据给当前cpu。也就是说这些边界上的原子会同时重复存在于多个cpu各自的原子列表里。于是我猜这些跨边界到别的cpu（但不属于别的cpu）一同参与作用力计算的的原子被给了个名叫“ghost atoms”。
有点啰嗦，打个比方不一定对。假设系统有10个原子，左右两个cpu并行处理，左分到了1-5个，右分到了6-10个。如果该材料的cutoff要2个原子的距离，那么为了保证左cpu的第5个原子能感受到与其相邻的6,7号原子作用力，要把右cpu的6,7号原子数据给共享给左cpu，所以给了一份数据到左cpu。于是左cpu的原子列表变成了1-7号原子。同理，右cpu的原子列表变成了4-10号原子。左cpu的6,7号原子本不属于它，但信息被放了进来用于计算，所以这两个原子成了“ghost atoms”。
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2019-09-04 10:50:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 hyliao 的主题更新
21/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭