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【求助】lmp_doc答疑1 已有3人参与
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大家好，新手lmp，在看doc，希望和版友们讨论加强理解学习。 在介绍lmp的screenout输出基本信息里（2.7），例子部分如下，想讨论一下： Pair time (%) = 35.0495 (71.5267) Bond time (%) = 0.092046 (0.187841) Kspce time (%) = 6.42073 (13.103) Neigh time (%) = 2.73485 (5.5811) Comm time (%) = 1.50291 (3.06703) Outpt time (%) = 0.013799 (0.0281601) Other time (%) = 2.13669 (4.36041) 这里的时间大部分花在pari time上，算是正常对吗？ 希望大家能说说特别是Pair, Bond, Kspce, Neigh的时间具体指做的什么工作，如何表示体系的正常或是特殊呢？ Nlocal: 1002 ave, 1015 max, 989 min Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 Nghost: 8720 ave, 8724 max, 8716 min Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 Neighs: 354141 ave, 361422 max, 346860 min Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 这里doc里提到Nlocal表示owned atom数目，Nghost表示ghost atom数目，Neigh表示存在单个处理器里的pair-wise neighbor数目， 这几种原子该怎么去理解呢？特别是ghost，还要这个neighbor，是最近邻吗？这些max和min是怎么得的，又该如何理解？这里histogram里是对cpu分配最大最小值的分布吗？怎么理解？我只知道histogram对应所有数字加和是任务所用cpu总数。 Total # of neighbors = 708282 Ave neighs/atom = 353.434 Ave special neighs/atom = 2.34032 Number of reneighborings = 42 Dangerous reneighborings = 2 特别关心近邻原子，据说是结构分析的关键信息，怎么定义pair-wise neighbor和special neighor的？在运行中，近邻列表发生变化的次数多少意味着什么？什么时候近邻列表就rebuild呢？doc讲危险是发生在第一个时间步就触发近邻改变，我理解的对吗？还说最好在危险的次数非零时，降低延迟因子来保证没有遗漏在列表rebuild之前可能跑到neighor skin distance的原子间力的相互作用，是什么意思？skin distance是怎么理解呢？ Minimization stats: E initial, next-to-last, final = -0.895962 -2.94193 -2.94342 Gradient 2-norm init/final= 1920.78 20.9992 Gradient inf-norm init/final= 304.283 9.61216 这里的next-to-last是表示倒数第二步吗？2范数表示力的总大小，是谁受的力啊？还是系统统计平均后的？一般力达到多少表示最小化成功，或者收敛了？（估计和采用的单位制有关，但是不是这里的信息还是很重要的）；无穷范数表示力的最大分量，这个信息有没有很重要的提示？ 谢谢大家，doc里有些不好理解，刚开始起步，希望把信息吃得稍微透一些。感谢大家讨论指正。 |
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ghcacj(金币+5): 谢谢 2011-06-28 16:40:40
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pair主要用来计算原子之间的相互作用力的。neigh主要用来更新邻近表的。 next-to-last相邻两步之间的能量差。 2范数表示力的总大小，是谁受的力啊？——所有原子受到的力的总和。 一般力达到多少表示最小化成功，或者收敛了？——这的根据你的需要。比如1.0e-8和1.0e-10.其实均也很小了。再小也没什么意义。是否收敛，得看你设定的能量和力的标准，在最大循环次数内是否达到要求。 在运行中，近邻列表发生变化的次数多少意味着什么？——意味着邻近表更新的快慢。如果neighbor bin小，则快，反之则慢。 什么时候近邻列表就rebuild呢？——neighbo bin 内，任意两个原子的是否超过了bin，如果没有。则不用更新。 skin distance是怎么理解呢？——截断半径之外，添加的一段距离。与neighbor相关。 以上是一己之见，不对之处还请指正。 |
4楼2011-06-28 10:03:04
