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分子模拟，ghost atom
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| 学了这么久的分子模拟。但对分子模拟中的ghost atom 还是不太懂。不知道是不是一个原子的周期性的影像原子。 |
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hyliao(金币+1): 谢谢参与
hyliao(金币+1): 谢谢参与
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摘自百度回答者Jersey_zheng ： Lammps给的介绍没有过分强调这个东东，所以一般使用时也不用刻意注意这个。按照说法，这个是lammps多cpu并行计算时用到的处理方式。本来，一个cpu会只计算分配给它的部分原子。但是，问题在于如果某些原子在边界上，边界另一边相邻着的其他原子被分到了别的cpu，这样当前cpu就感知不到这些原子的作用力了。可原子间作用力在某些材料中会有很长距离（cutoff）；所以当前cpu分配到的最远的原子所相邻的被分配到别的cpu的原子会保留一份数据给当前cpu。也就是说这些边界上的原子会同时重复存在于多个cpu各自的原子列表里。于是我猜这些跨边界到别的cpu（但不属于别的cpu）一同参与作用力计算的的原子被给了个名叫“ghost atoms”。 有点啰嗦，打个比方不一定对。假设系统有10个原子，左右两个cpu并行处理，左分到了1-5个，右分到了6-10个。如果该材料的cutoff要2个原子的距离，那么为了保证左cpu的第5个原子能感受到与其相邻的6,7号原子作用力，要把右cpu的6,7号原子数据给共享给左cpu，所以给了一份数据到左cpu。于是左cpu的原子列表变成了1-7号原子。同理，右cpu的原子列表变成了4-10号原子。左cpu的6,7号原子本不属于它，但信息被放了进来用于计算，所以这两个原子成了“ghost atoms”。 |
2楼2019-09-04 10:50:07