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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 周期性的问题
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memgr

铜虫 (正式写手)

[求助] 周期性的问题

本人用gromacs模拟的一个胶束体系，但是由于周期性的问题，模拟轨迹中有一部分的的胶束分裂成两部分，分别在格子的上面和下面，或者是左面和右面，但是这样影响到后面的分析，比如分析粒子到质心的距离分布，这应该怎么办呢，还是偶在设置时动力学参数的时候哪个地方设置错误了，求各位大虾指点，谢谢
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1楼 2011-06-27 16:45:01
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memgr

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by bridgeqbf at 2011-06-28 17:08:09:
In most of the analyzing tools, the PBC can be employed by default.
Of you can use "trjconv  -nojump"

trjconv -nojump 是什么意思？能解释一下吗 谢谢
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7楼2011-06-29 15:34:27
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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-06-28 16:42:08
memgr(金币+2): 2011-07-06 14:46:28
memgr(金币+2): 2011-07-13 15:03:26
引用回帖:
Originally posted by memgr at 2011-06-27 16:45:01:
本人用gromacs模拟的一个胶束体系，但是由于周期性的问题，模拟轨迹中有一部分的的胶束分裂成两部分，分别在格子的上面和下面，或者是左面和右面，但是这样影响到后面的分析，比如分析粒子到质心的距离分布，这应 ...

利用周期性边界条件，将被分开的分子拼凑成一个完整的胶束，然后统计不就可以了吗
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2楼2011-06-27 20:08:18
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memgr

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by yahoohoo at 2011-06-27 20:08:18:
利用周期性边界条件，将被分开的分子拼凑成一个完整的胶束，然后统计不就可以了吗

什么意思？可是轨迹已经生成了啊？这么多步，应该怎么整呢？
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3楼2011-06-27 21:02:13
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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-06-28 16:42:18
memgr(金币+1): 2011-09-01 08:48:31
引用回帖:
Originally posted by memgr at 2011-06-27 21:02:13:
什么意思？可是轨迹已经生成了啊？这么多步，应该怎么整呢？

我提供的是想法，至于具体怎么做你得自己考虑。我也没用Gromacs。
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2011-06-27 21:06:03
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