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memgr

铜虫 (正式写手)

[求助] 周期性的问题

本人用gromacs模拟的一个胶束体系,但是由于周期性的问题,模拟轨迹中有一部分的的胶束分裂成两部分,分别在格子的上面和下面,或者是左面和右面,但是这样影响到后面的分析,比如分析粒子到质心的距离分布,这应该怎么办呢,还是偶在设置时动力学参数的时候哪个地方设置错误了,求各位大虾指点,谢谢
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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-06-28 16:42:18
memgr(金币+1): 2011-09-01 08:48:31
引用回帖:
Originally posted by memgr at 2011-06-27 21:02:13:
什么意思?可是轨迹已经生成了啊?这么多步,应该怎么整呢?

我提供的是想法,至于具体怎么做你得自己考虑。我也没用Gromacs。
4楼2011-06-27 21:06:03
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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-06-28 16:42:08
memgr(金币+2): 2011-07-06 14:46:28
memgr(金币+2): 2011-07-13 15:03:26
引用回帖:
Originally posted by memgr at 2011-06-27 16:45:01:
本人用gromacs模拟的一个胶束体系,但是由于周期性的问题,模拟轨迹中有一部分的的胶束分裂成两部分,分别在格子的上面和下面,或者是左面和右面,但是这样影响到后面的分析,比如分析粒子到质心的距离分布,这应 ...

利用周期性边界条件,将被分开的分子拼凑成一个完整的胶束,然后统计不就可以了吗
2楼2011-06-27 20:08:18
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memgr

铜虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by yahoohoo at 2011-06-27 20:08:18:
利用周期性边界条件,将被分开的分子拼凑成一个完整的胶束,然后统计不就可以了吗

什么意思?可是轨迹已经生成了啊?这么多步,应该怎么整呢?
3楼2011-06-27 21:02:13
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memgr

铜虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by yahoohoo at 2011-06-27 21:06:03:
我提供的是想法,至于具体怎么做你得自己考虑。我也没用Gromacs。

奥 谢谢啊 我会考虑试试的 呵呵
5楼2011-06-28 09:27:29
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