应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 周期性的问题
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
71/1返回列表
查看: 684  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

memgr

铜虫 (正式写手)

[求助] 周期性的问题

本人用gromacs模拟的一个胶束体系，但是由于周期性的问题，模拟轨迹中有一部分的的胶束分裂成两部分，分别在格子的上面和下面，或者是左面和右面，但是这样影响到后面的分析，比如分析粒子到质心的距离分布，这应该怎么办呢，还是偶在设置时动力学参数的时候哪个地方设置错误了，求各位大虾指点，谢谢
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2011-06-27 16:45:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-06-28 16:42:08
memgr(金币+2): 2011-07-06 14:46:28
memgr(金币+2): 2011-07-13 15:03:26
引用回帖:
Originally posted by memgr at 2011-06-27 16:45:01:
本人用gromacs模拟的一个胶束体系，但是由于周期性的问题，模拟轨迹中有一部分的的胶束分裂成两部分，分别在格子的上面和下面，或者是左面和右面，但是这样影响到后面的分析，比如分析粒子到质心的距离分布，这应 ...

利用周期性边界条件，将被分开的分子拼凑成一个完整的胶束，然后统计不就可以了吗
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2011-06-27 20:08:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

memgr

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by yahoohoo at 2011-06-27 20:08:18:
利用周期性边界条件，将被分开的分子拼凑成一个完整的胶束，然后统计不就可以了吗

什么意思？可是轨迹已经生成了啊？这么多步，应该怎么整呢？
赞一下 回复此楼
3楼2011-06-27 21:02:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-06-28 16:42:18
memgr(金币+1): 2011-09-01 08:48:31
引用回帖:
Originally posted by memgr at 2011-06-27 21:02:13:
什么意思？可是轨迹已经生成了啊？这么多步，应该怎么整呢？

我提供的是想法，至于具体怎么做你得自己考虑。我也没用Gromacs。
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2011-06-27 21:06:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

memgr

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by yahoohoo at 2011-06-27 21:06:03:
我提供的是想法，至于具体怎么做你得自己考虑。我也没用Gromacs。

奥 谢谢啊 我会考虑试试的 呵呵
赞一下 回复此楼
5楼2011-06-28 09:27:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bridgeqbf

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-06-29 10:36:54
memgr(金币+1): 2011-09-01 08:48:23
In most of the analyzing tools, the PBC can be employed by default.
Of you can use "trjconv  -nojump"
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2011-06-28 17:08:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

memgr

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by bridgeqbf at 2011-06-28 17:08:09:
In most of the analyzing tools, the PBC can be employed by default.
Of you can use "trjconv  -nojump"

trjconv -nojump 是什么意思？能解释一下吗 谢谢
赞一下 回复此楼
7楼2011-06-29 15:34:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 memgr 的主题更新
71/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料334求调剂 +12 Eecho# 2026-04-03 12/600 2026-04-04 16:56 by asdhh1991
[考研] 321求调剂 +12 认真求上学 2026-04-02 12/600 2026-04-04 16:34 by dongzh2009
[考研] 293分求调剂，外语为俄语 +6 加一一九 2026-03-31 6/300 2026-04-04 14:57 by 聪明的大松鼠
[考研] 26考研调剂0710 0860 +8 补补不补 2026-04-03 12/600 2026-04-04 13:44 by 自由风2
[考研] 一志愿085404，总分291，四级已过，求调剂 +5 阿俊阿俊阿俊 2026-04-04 7/350 2026-04-04 13:23 by 莲菜就是藕吧
[考研] 334求调剂 +8 曾仰之 2026-04-03 8/400 2026-04-04 11:16 by w_xuqing
[考研] 22408，264求调剂 +3 ywh729 2026-04-03 4/200 2026-04-04 11:04 by ywh729
[考研] 282求调剂 +20 ycy1201 2026-04-01 22/1100 2026-04-04 00:42 by userper
[考研] 324求调剂 +4 想上学求调 2026-04-03 4/200 2026-04-03 14:41 by rongligao
[考研] 312求调剂 +6 小小墨123 2026-04-02 7/350 2026-04-03 07:32 by jsw79
[考研] 282求调剂 +13 呼吸都是减肥 2026-04-01 13/650 2026-04-02 14:10 by baoball
[考研] 初试301，代码085701环境工程，本硕一致，四六级已过，有二区一作，共发表5篇论文 +6 axibli 2026-04-01 6/300 2026-04-02 13:42 by Ecowxq666！
[考研] 求调剂推荐 +3 南山南@ 2026-04-01 3/150 2026-04-02 12:09 by xiaoranmu
[考研] 材料调剂 +12 一样YWY 2026-04-01 12/600 2026-04-02 09:15 by olim
[考研] 301求调剂 +8 axibli 2026-04-01 8/400 2026-04-01 09:51 by 我的船我的海
[考研] 335求调剂 +3 321* 2026-03-31 4/200 2026-04-01 00:00 by 321*
[考研] 材料工程专硕求调剂 +10 hyl3153942 2026-03-29 10/500 2026-03-31 16:31 by hypershenger
[考研] 085601 329分调剂 +6 yzsa12 2026-03-31 6/300 2026-03-31 15:23 by yanflower7133
[考研] 吉大生物学326分求调剂 +3 sunnyupup 2026-03-31 3/150 2026-03-31 09:28 by longlotian
[考研] 一志愿食品科学与工程083200求调剂 +4 XQTJZ 2026-03-30 4/200 2026-03-31 04:10 by fmesaito
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭