Originally posted by memgr at 2011-06-27 16:45:01:
本人用gromacs模拟的一个胶束体系，但是由于周期性的问题，模拟轨迹中有一部分的的胶束分裂成两部分，分别在格子的上面和下面，或者是左面和右面，但是这样影响到后面的分析，比如分析粒子到质心的距离分布，这应 ...

Originally posted by yahoohoo at 2011-06-27 20:08:18:
利用周期性边界条件，将被分开的分子拼凑成一个完整的胶束，然后统计不就可以了吗

Originally posted by memgr at 2011-06-27 21:02:13:
什么意思？可是轨迹已经生成了啊？这么多步，应该怎么整呢？

Originally posted by yahoohoo at 2011-06-27 21:06:03:
我提供的是想法，至于具体怎么做你得自己考虑。我也没用Gromacs。

Originally posted by bridgeqbf at 2011-06-28 17:08:09:
In most of the analyzing tools, the PBC can be employed by default.
Of you can use "trjconv  -nojump"