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baiyuefei

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风雪

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[求助] X-ray pdb structure 是什么意思?什么结构呢?

如题,该短语来自审稿人的一个句子里如下所示。请问
X-ray pdb structure 是什么意思呢?结构图还是文件?
Another suggestion on how to find the conformations closest to the X-ray conformations is to start from X-ray pdb structure and see how it will be optimized within QM.
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bible2

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【答案】应助回帖


drg1984(金币+1): 谢谢回帖应助! 2011-06-15 15:49:24
baiyuefei(金币+70): 非常感谢不过还不是太明白,我再看看研究下吧 2011-06-15 18:59:52
pdb是一种文件格式,用来描述晶体结构的,类似于diamond文件。
2楼2011-06-15 15:42:52
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baiyuefei

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引用回帖:
Originally posted by bible2 at 2011-06-15 15:42:52:
pdb是一种文件格式,用来描述晶体结构的,类似于diamond文件。

帮人帮我解析出来的晶体数据中,我寻找了未找到pdb格式的文件啊。我该怎么得到我的晶体pdb文件呢,请高手指导下小弟。
3楼2011-06-15 15:59:19
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bible2

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我知道Materials Studio可以创建PDB文件(PDB---The Protein Data Bank file format ).
4楼2011-06-15 16:19:43
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引用回帖:
Originally posted by bible2 at 2011-06-15 16:19:43:
我知道Materials Studio可以创建PDB文件(PDB---The Protein Data Bank file format ).

那您能帮我弄出pdb结构的文件吗?
5楼2011-06-15 16:42:29
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bible2

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如果你有CIF文件,可以传到附件上,我可以试试。
6楼2011-06-15 16:55:23
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baiyuefei

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引用回帖:
Originally posted by bible2 at 2011-06-15 16:55:23:
如果你有CIF文件,可以传到附件上,我可以试试。

这是两个有机单晶的cif文件,麻烦高手了。最后到时我再多加些金币表示下我的谢意,非常感谢您!
https://good.gd/1290345.htm
7楼2011-06-15 17:03:11
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bible2

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引用回帖:
Originally posted by baiyuefei at 2011-06-15 17:03:11:
这是两个有机单晶的cif文件,麻烦高手了。最后到时我再多加些金币表示下我的谢意,非常感谢您!
https://good.gd/1290345.htm

OK。请看附件。
8楼2011-06-15 17:25:19
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baiyuefei

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引用回帖:
Originally posted by bible2 at 2011-06-15 17:25:19:
OK。请看附件。

冒昧地问下,自己不是太明白望谅解。
你看我帖子中审稿人的话:另一个建议是关于怎么找到最接近单晶衍射的构象是从单晶pdb结构开始并且看它是怎么在量化计算中被优化的。
你给我发的是两个图,从这两个图中我该怎么看它是被优化的呢在量化计算中,从图中什么也看不出来啊?
9楼2011-06-15 18:23:19
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bible2

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我不清楚是什么意思.我感觉是想让你使用Materials Studio那样的软件去优化一下结构,看该结构是不是稳定?
10楼2011-06-15 18:46:53
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