24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
汕头大学海洋科学接受调剂
查看: 1676  |  回复: 6

YJY1234

金虫 (初入文坛)

[求助] fragment molecilar orbital method 方法

用gamess中的FMO2/TDDFT(LCBLYP)模块计算叶绿素分子的激发态能量时,用6-31g基组时,算到双体都不能收敛,但用sto-3g则可以正常结束,这是什么原因,怎样才能解决呢?
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

toyidi

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
gmy1990(金币+2): 谢谢你对论坛的贡献,奖励一下! 2011-06-11 17:15:22
YJY1234(金币+10): 2011-06-13 08:21:31
如果计算过程没错的话,就是fragment的选取造成的。
建议fragment取大点,因为FMO TDDFT对inter-fragment excitation的计算是完全失效的。
2楼2011-06-11 16:33:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

YJY1234

金虫 (初入文坛)

FMO TDDFT对inter-fragment excitation的计算是完全失效的?这是什么意思呢?
在文献J. C. P 127 104108(2007)中,作者已经用FMO-TDDFT(LC-BYYP/G-31G*)计算叶黄素PYP的激发态能量。
3楼2011-06-13 08:20:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

toyidi

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
Originally posted by YJY1234 at 2011-06-13 08:20:59:
FMO TDDFT对inter-fragment excitation的计算是完全失效的?这是什么意思呢?
在文献J. C. P 127 104108(2007)中,作者已经用FMO-TDDFT(LC-BYYP/G-31G*)计算叶黄素PYP的激发态能量。

意思就是,当最低单重激发态并不发生在所选取的central fragment上时,而是从一个fragment跃迁到另一个fragment上,那么它所算的激发能就完全错误。不信可以试下LDA,GGA之类的纯泛函,和整体计算的结果相差十万八千里。LC泛函修正可以确保最低单重激发态S1发生在central fragment上,不过这也是特殊情况,不具有普适性,S2及其他激发态可能就是上面提到的inter-fragment excitation,所以他们不报导。

你说的不收敛是指的FMO DFT 基态还是激发态计算。如果是激发态,就是每个子体系的常规TDDFT计算不收敛,这种情况很少见但还是可能发生的,但是文献既然报导了结果,可能还是你在计算细节上出了问题。
4楼2011-06-13 22:47:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

YJY1234

金虫 (初入文坛)

计算过程出了问题?同样的结构,关键词也是一样的,只是变化了基组。
用sto-3g得出的结果是:state  excitation/ev   transition dipole(a.u.)      osc.
                                1        2.051       -2.7144  -0.9013  0.2738     0.415
用6-31g得出的结果是:state  excitation/ev   transition dipole(a.u.)      osc.
                                1        ****       0.0000  0.0000  0.000     0.000
用LC-BLYP/6-31g计算时,激发态单体的能量就出现错误了。
5楼2011-06-15 16:57:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

YJY1234

金虫 (初入文坛)

引用回帖:
Originally posted by toyidi at 2011-06-13 22:47:40:
意思就是,当最低单重激发态并不发生在所选取的central fragment上时,而是从一个fragment跃迁到另一个fragment上,那么它所算的激发能就完全错误。不信可以试下LDA,GGA之类的纯泛函,和整体计算的结果相差十 ...

计算过程出了问题?同样的结构,关键词也是一样的,只是变化了基组。
用sto-3g得出的结果是:state  excitation/ev   transition dipole(a.u.)      osc.
                                1        2.051       -2.7144  -0.9013  0.2738     0.415
用6-31g得出的结果是:state  excitation/ev   transition dipole(a.u.)      osc.
                                1        ****       0.0000  0.0000  0.000     0.000
用LC-BLYP/6-31g计算时,激发态单体的能量就出现错误了。
6楼2011-06-15 17:13:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

toyidi

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
Originally posted by YJY1234 at 2011-06-15 17:13:25:
计算过程出了问题?同样的结构,关键词也是一样的,只是变化了基组。
用sto-3g得出的结果是:state  excitation/ev   transition dipole(a.u.)      osc.
                                1        2.051   ...

这个爱莫能助,没有重复过那篇文献的计算。文献实际计算细节一般很多很多,漏了任何一个细节,可能都无法重复结果。可以直接写信向那个组询问。

不过从你列的结果可以看到,6-31g的S1激发能可能是虚数。HOMO-LUMO gap太小了,后面的LC kernel修正太大(修正值是负数),激发能的平方就是负数,从而激发能是虚数。这么小的基组就出了这种问题,确实很难解释,还是需要检查一下输入文件。

STO-3g不出问题是因为基组太小了(没有意义的基组),HOMO-LUMO gap比较大。
7楼2011-06-16 14:43:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 YJY1234 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 290调剂生物0860 +35 哇哈哈,。 2026-04-11 41/2050 2026-04-14 23:47 by Xurambo2014
[考研] 272分材料子求调剂 +41 Loy0361 2026-04-10 54/2700 2026-04-14 18:00 by lhj2009
[考研] 材料299专硕求调剂 +16 +21 2026-04-09 16/800 2026-04-14 17:06 by jiangguiquan11
[考研] 0854调剂 +11 长弓傲 2026-04-12 14/700 2026-04-14 16:07 by 逆水乘风
[考研] 药学305求调剂 +10 玛卡巴卡boom 2026-04-10 10/500 2026-04-14 15:55 by zs92450
[考研] 求调剂 +12 何气正 2026-04-13 13/650 2026-04-14 14:47 by zs92450
[基金申请] RY:中国产出的科学垃圾论文,绝对数量和比例都世界第一 +6 zju2000 2026-04-14 17/850 2026-04-14 14:34 by jurkat.1640
[考研] 材料复试求调剂 +24 xhhdjdjsjks 2026-04-09 24/1200 2026-04-13 15:49 by 幸免 ..
[教师之家] 山东双非院校考核超级无底线,领导幸灾乐祸,教师遭殃恐 +3 qut2026 2026-04-11 7/350 2026-04-12 20:24 by qut2026
[考研] 295分求调剂 +13 ?要上岸? 2026-04-10 13/650 2026-04-12 15:37 by laoshidan
[考研] 求调剂 +16 张番茄不炒蛋 2026-04-10 17/850 2026-04-12 13:58 by 熬夜成!
[考研] 326求调剂 +6 Shansyn 2026-04-10 6/300 2026-04-12 09:46 by hammer3
[考研] 070300化学279求调剂 +19 哈哈哈^_^ 2026-04-08 20/1000 2026-04-11 20:43 by stoner78
[考研] 343求调剂 +9 王国帅 2026-04-10 9/450 2026-04-11 20:31 by dongdian1
[考研] 085410 273分调剂 +4 X1999 2026-04-09 4/200 2026-04-11 13:05 by pies112
[考研] 工科273调剂 +6 X1999 2026-04-09 7/350 2026-04-11 10:23 by zhq0425
[考研] 本科211 工科085400 280分求调剂 可跨专业 +11 LZH(等待调剂中 2026-04-10 11/550 2026-04-11 08:39 by zhq0425
[考研] 296求调剂 +6 汪!?! 2026-04-08 6/300 2026-04-10 11:02 by mattzhming
[考研] 初试分332,一志愿报考西北工业大学, +11 故人?? 2026-04-09 11/550 2026-04-09 21:54 by JineShine
[考研] 二次调剂求老师收留 +3 笑笑袁 2026-04-08 3/150 2026-04-08 23:50 by 醉在风里
信息提示
请填处理意见