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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 坐标轴 分子坐标
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天下枫叶

木虫 (著名写手)

[求助] 坐标轴 分子坐标

可能是我的表达有问题，我想问的是：如何才能让z轴垂直于分子平面，而xy轴与分子平面共面，有些时候在GaussianView当中画出的分子构型以及在Gaussian输出文件中的分子构型是y或z轴垂直于分子平面，而z轴却在分子平面内。如何调整坐标可以使z轴垂直于分子平面，
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1楼 2011-05-31 14:54:19
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天下枫叶

木虫 (著名写手)
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Originally posted by liuzhengjun0427 at 2011-06-01 15:47:55:
在GaussianView里按住alt键移动分子，可以间接的移动坐标轴。

但是你怎么设置平面
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3楼2011-06-01 17:17:26
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天下枫叶

木虫 (著名写手)
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Originally posted by liuzhengjun0427 at 2011-06-02 08:35:03:
gaussianview好像只能用你的眼睛看了，只能大概在坐标轴移到平面上，chemcraf这个软件也很好用，可以很方便的移动坐标轴，你可以试试。

但是文献报道的好像都是在Gaussian里处理的，见文献（附件），本人对这一块不是很懂，你说的按住Alt键确实可以转动分子，但对文献里怎么设置，我就很迷糊，
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6楼2011-06-02 10:48:01
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天下枫叶

木虫 (著名写手)
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Originally posted by sangym at 2011-06-01 20:59:44:
你必须在gassview里吗？？别的软件可以的

你好，在Gaussian里能实现分子对接吗
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7楼2011-06-02 10:49:56
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天下枫叶

木虫 (著名写手)
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Originally posted by sangym at 2011-06-01 20:59:44:
你必须在gassview里吗？？别的软件可以的

http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3244036&pid=628877&page=1#pid628877能不能帮我看一下这个帖子吗
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8楼2011-06-02 10:52:45
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天下枫叶

木虫 (著名写手)
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Originally posted by sangym at 2011-06-02 11:13:24:
从CCDC里现在你导出结构了吗？？要是没导出我可以给你找，然后发给你！！！要是找到了你可以用ultraedit打开试试，给我发过来，帮你改成gassview能读的格式，要是这个都已经完成的话，要改坐标轴建议你试试Mat ...

CCDC我们这边好像打不开，还有昨晚我试了一下将GaussianView里的文件导入MS5.0里只看到文本而没有立体结构，不知道怎么回事，格式是保存为mol
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10楼2011-06-02 12:20:08
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天下枫叶

木虫 (著名写手)
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Originally posted by zmcommon at 2011-06-02 12:51:49:
你把你的输入文件发给我，我帮你试试

关键是我还没有找到环糊精的文件，在chemdraw里导出的PDB在Gaussian里不能计算，CCDC里我不大会用
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12楼2011-06-02 13:18:56
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天下枫叶

木虫 (著名写手)
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Originally posted by yongma2008 at 2011-06-02 18:41:45:
我从网上下载的，不是我设置的。你可以考虑用编个程序调坐标，这个应该不难的

在CCDC里怎么下啊，我打开界面怎面没有啊
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17楼2011-06-02 20:51:35
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天下枫叶

木虫 (著名写手)
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Originally posted by yongma2008 at 2011-06-02 16:13:25:
给你个beta的

你好，你是怎么将水分子等去掉的
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19楼2011-06-08 15:34:59
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