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cdl007

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
dhd997(金币+5, EPI+1): 又发现一牛人啊 2011-05-28 08:48:13
wangy0908(金币+1): 2011-05-29 13:13:33
PROMOTER 2.0 http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/
通常确定启动子的算法可以分成两种,一种根据启动子区各种转录信号,如TATA 盒、CCAAT 盒,结合对这些保守信号及信号间保守的空间排列顺序的识别进行预测。如PROMOTER 2.0, 用神经网络方法确定TATA 盒、CCAAT盒、加帽位点(cap site) 和GC 盒(GCbox) 的位置和距离, 识别含TATA 盒的启动子。

PROMOTER SCAN       http://thr.cit.nih.gov/molbio/proscan/
根据转录因子结合部位在基因组中分布的不平衡性,将转录因子结合部位分布密度与TATA 盒的权重矩阵(weight matrix) 结合起来,从基因组DNA中识别出启动子区[3 ] 。但上述程序预测的假阳性率较高,PROMOTER 210 每23kb 出现一个假阳性;PRO2MOTER SCAN 平均每19kb 出现一个假阳性。

PromoterInspector http://www.genomatix.de/products ... oterInspector2.html
另一种方法根据启动子区序列的特征进行预测。Promo2terInspector 从一组训练序列中提取出启动子区的环境特征,并将外显子、内含子和3’端非翻译区的特征与启动子区加以区分,从而在基因组中确定启动子位置

FirstEF    http://rulai.cshl.org/tools/FirstEF/
近来还有一些程序将上述方法与CpG 岛(CpG islands) 信息相结合。CpG岛是一段200 bp 或更长的DNA 序列,核苷酸G + C 的含量较高,并且CpG双核苷酸的出现频率占G+ C 含量的50 %以上。许多脊椎动物的启动子区都与CpG岛的位置重合。FirstEF ( http :/ / rulai1cshl1org/ tools/ FirstEF/ ) 搜索通过5’UTR 定位技术构建的第一外显子数据库,识别第一剪切点(first splicing donor site) ,结合CpG 岛信息,确定启动子区。这种方法使预测的敏感性和特异性都明显提高。该程序预测含CpG岛的启动子的敏感性和特异性都高于90 % ,预测不含CpG岛的启动子的精确性相对略低。

TRRD 数据库 http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/dbases/trrd4/ 收录了真核基因调控区结构和基因表达方式的信息,每个条目对应一个基因。

应用权重矩阵数据库搜索转录因子结合部位的程序包括
SIGNAL SCAN http://thr.cit.nih.gov/molbio/signal/

MatInspector http://www.genomatix.de/products/index.html

转录因子搜索程序( transcriptional factor search ,
TF2 SEARCH ) http://www.cbrc.jp/research/db/TFSEARCH.html

等等。尽管基于PWM 的搜索比较敏感,但它最大的缺点就是假阳性率过高,在预测的结果中有很多结合部位并不真正具有生物学功能。

COMPEL 数据库 http://compel.bionet.nsc.ru/new/index.html
经实验确定的复合元件不多,COMPEL 数据库中收录了近200 条经实验确定的复合元件的信息。如果转录因子结合部位的预测结果中包含复合元件,显然比单个元件更有可能具有生物学功能。Co - Bind 程序通过建立两个转录因子结合部位的PWM 及其复合作用的模型,可以预测序列中的复合元件。还有一些程序利用COMPEL 数据库中已知的复合元件去搜索基因组序列。

Consensus ftp://beagle.colorado.edu/pub/consensus/

AlignACE http://atlas.med.harvard.edu/cgi-bin/alignace.pl
等是用来搜索高含量基序(overrepresented motif finding) 的一些算法,可以对一组基因簇中的基因调控区进行比较,以发现其中存在的高含量的基序,调控元件可能就存在于这些基序之中。


我收藏的网址，你可以看看，不过好多连接不上，遗憾。但是通过简介可以了解一些相应的启动子预测规则，自己可以判断判断
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2楼2011-05-28 08:02:07
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