| 查看: 1159 | 回复: 2 | |||
| 本帖产生 1 个 MolEPI ，点击这里进行查看 | |||
[求助]
如何判断植物中一个基因的启动子序列
|
|||
| 已经知道基因的全长以及上下游区域的序列。现在要得到启动子来做转化，但是却不知道启动子序列怎么判断。望大家不吝赐教！ |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 【分子生物】EPI帖 |
» 猜你喜欢
筑牢营养安全线：以精准检测，护健康基石
已经有0人回复
-
推荐一些20种氨基酸检测的实际应用案例
已经有0人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有217人回复
-
不合理蛙科研实验中的趣事：实验器材的 “乌龙”
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验中的趣事：和实验材料的 “斗智斗勇”
已经有0人回复
-
蛋白质检测：精准分析，解锁生物分子的密码
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之小鼠实验：严谨设计，解析生命机制的重要载体
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之重金属检测：精准筛查，守护健康与环境的防线
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之“蛙测重金属我背锅三千”
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之“鼠逃三次我发三篇SCI”
已经有0人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- GUS基因与启动子序列检测
已经有5人回复
- 重大问题，有谁知道pMD18-t等Amp+抗性载体中AmpR的启动子序列是什么？
已经有3人回复
- 查找鲤鱼β-actin基因的启动子序列
已经有3人回复
- 求大肠杆菌 lpp（脂蛋白）启动子的序列~ 谢谢~~~~~在线等
已经有3人回复
- 【求助】tac启动子序列
已经有9人回复
- 【求助/交流】小弟对启动子序列的确定有惑，望解惑。
已经有17人回复
- 【求助/交流】举例说明模式生物中一个基因的序列的获取、序列分析和功能分析
已经有8人回复
- 【求助/交流】如何通过一个基因组序列获得启动子？
已经有3人回复
- 【求助/交流】关于分离启动子序列
已经有8人回复
- 【求助/交流】怎么查找已知名字的启动子序列？
已经有6人回复
cdl007
木虫 (正式写手)
- MolEPI: 41
- 应助: 46 (小学生)
- 贵宾: 0.025
- 金币: 2570.6
- 红花: 11
- 帖子: 545
- 在线: 123.1小时
- 虫号: 275133
- 注册: 2006-08-27
- 专业: 肿瘤病因
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★
dhd997(金币+5, EPI+1): 又发现一牛人啊 2011-05-28 08:48:13
wangy0908(金币+1): 2011-05-29 13:13:33
dhd997(金币+5, EPI+1): 又发现一牛人啊 2011-05-28 08:48:13
wangy0908(金币+1): 2011-05-29 13:13:33
|
PROMOTER 2.0 http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/ 通常确定启动子的算法可以分成两种,一种根据启动子区各种转录信号,如TATA 盒、CCAAT 盒,结合对这些保守信号及信号间保守的空间排列顺序的识别进行预测。如PROMOTER 2.0, 用神经网络方法确定TATA 盒、CCAAT盒、加帽位点(cap site) 和GC 盒(GCbox) 的位置和距离, 识别含TATA 盒的启动子。 PROMOTER SCAN http://thr.cit.nih.gov/molbio/proscan/ 根据转录因子结合部位在基因组中分布的不平衡性,将转录因子结合部位分布密度与TATA 盒的权重矩阵(weight matrix) 结合起来,从基因组DNA中识别出启动子区[3 ] 。但上述程序预测的假阳性率较高,PROMOTER 210 每23kb 出现一个假阳性;PRO2MOTER SCAN 平均每19kb 出现一个假阳性。 PromoterInspector http://www.genomatix.de/products ... oterInspector2.html 另一种方法根据启动子区序列的特征进行预测。Promo2terInspector 从一组训练序列中提取出启动子区的环境特征,并将外显子、内含子和3’端非翻译区的特征与启动子区加以区分,从而在基因组中确定启动子位置 FirstEF http://rulai.cshl.org/tools/FirstEF/ 近来还有一些程序将上述方法与CpG 岛(CpG islands) 信息相结合。CpG岛是一段200 bp 或更长的DNA 序列,核苷酸G + C 的含量较高,并且CpG双核苷酸的出现频率占G+ C 含量的50 %以上。许多脊椎动物的启动子区都与CpG岛的位置重合。FirstEF ( http :/ / rulai1cshl1org/ tools/ FirstEF/ ) 搜索通过5’UTR 定位技术构建的第一外显子数据库,识别第一剪切点(first splicing donor site) ,结合CpG 岛信息,确定启动子区。这种方法使预测的敏感性和特异性都明显提高。该程序预测含CpG岛的启动子的敏感性和特异性都高于90 % ,预测不含CpG岛的启动子的精确性相对略低。 TRRD 数据库 http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/dbases/trrd4/ 收录了真核基因调控区结构和基因表达方式的信息,每个条目对应一个基因。 应用权重矩阵数据库搜索转录因子结合部位的程序包括 SIGNAL SCAN http://thr.cit.nih.gov/molbio/signal/ MatInspector http://www.genomatix.de/products/index.html 转录因子搜索程序( transcriptional factor search , TF2 SEARCH ) http://www.cbrc.jp/research/db/TFSEARCH.html 等等。尽管基于PWM 的搜索比较敏感,但它最大的缺点就是假阳性率过高,在预测的结果中有很多结合部位并不真正具有生物学功能。 COMPEL 数据库 http://compel.bionet.nsc.ru/new/index.html 经实验确定的复合元件不多,COMPEL 数据库中收录了近200 条经实验确定的复合元件的信息。如果转录因子结合部位的预测结果中包含复合元件,显然比单个元件更有可能具有生物学功能。Co - Bind 程序通过建立两个转录因子结合部位的PWM 及其复合作用的模型,可以预测序列中的复合元件。还有一些程序利用COMPEL 数据库中已知的复合元件去搜索基因组序列。 Consensus ftp://beagle.colorado.edu/pub/consensus/ AlignACE http://atlas.med.harvard.edu/cgi-bin/alignace.pl 等是用来搜索高含量基序(overrepresented motif finding) 的一些算法,可以对一组基因簇中的基因调控区进行比较,以发现其中存在的高含量的基序,调控元件可能就存在于这些基序之中。 我收藏的网址，你可以看看，不过好多连接不上，遗憾。但是通过简介可以了解一些相应的启动子预测规则，自己可以判断判断 |
2楼2011-05-28 08:02:07
3楼2011-05-29 13:14:24