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200699wang

新虫 (正式写手)

[求助] amber 动力学模拟中中DNA太长有什么影响[color=Red]?????[/color]

我们的机器正常情况下用amber跑MD,一天可跑1ns左右,可是我单跑一段51个碱基对的DNA,一天只能跑0.3ns,太慢了,检查了一下,各方面都没问题。为什么DNA的长度对速率有这么大的影响?还是其他方面的原因?
还望高手不吝赐教!!
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