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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » mmpbsa 出错
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mengyan142

木虫 (小有名气)

[求助] mmpbsa 出错

Sample Text
获得snapshot_com/rec/lig.crd文件后，输入文件如下：
PREFIX                snapshot
PATH                  ./
COMPLEX               1
RECEPTOR              1
LIGAND                1
COMPT                 ./com.prmtop
RECPT                 ./rec.prmtop
LIGPT                 ./lig.prmtop
GC                    0
AS                    0
DC                    0
MM                    1
GB                    1
PB                    1
MS                    1
NM                    0
@PB
PROC                  2
REFE                  0
INDI                  1.0
EXDI                  80.0
SCALE                 2
LINIT                 1000
PRBRAD                1.4
ISTRNG                0.0
RADIOPT               0
NPOPT                 1
CAVITY_SURFTEN        0.0072
CAVITY_OFFSET         0.00
SURFTEN               0.0072
SURFOFF               0.00
@MM
DIELC                 1.0
@GB
IGB                   2
GBSA                  1
SALTCON               0.00
EXTDIEL               80.0
INTDIEL               1.0
SURFTEN               0.0072
SURFOFF               0.00
@MS
PROBE                 0.0
@PROGRAMS

输出文件得到snapshot.com.all.out 后就自动跳出不再继续算了，是哪里出错了，初学者请高人指点。谢谢啦～～～
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1楼 2011-05-27 11:49:49
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mengyan142

木虫 (小有名气)
好吧，输出文件sander_rec.1.out报错为：

--------------------------------------------------------------------------------
   3.  ATOMIC COORDINATES AND VELOCITIES
--------------------------------------------------------------------------------

  FATAL: NATOM mismatch in coord and topology files
谢谢帮忙
赞一下 回复此楼
3楼2011-05-27 16:59:47
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查看全部 4 个回答

petersen

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

我就来逛一下，可能也不知道答案，但是你连出错信息都没给出来，谁帮你啊～
赞一下 回复此楼
2楼2011-05-27 16:41:54
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sinokang

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
zh1987hs(金币+3): 谢谢 2011-06-05 22:40:15
mengyan142(金币+3): 2011-06-10 09:01:47
引用回帖:
Originally posted by mengyan142 at 2011-05-27 16:59:47:
好吧，输出文件sander_rec.1.out报错为：

--------------------------------------------------------------------------------
   3.  ATOMIC COORDINATES AND VELOCITIES
----------------------------- ...

坐标文件和top文件不一致，看看脚本中配体，受体，复合物的原子数是否写对了，然后重新生成snapshots
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2011-06-05 15:38:47
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