应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » mmpbsa 出错
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
41/1返回列表
查看: 819  |  回复: 3
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

mengyan142

木虫 (小有名气)

[求助] mmpbsa 出错

Sample Text
获得snapshot_com/rec/lig.crd文件后，输入文件如下：
PREFIX                snapshot
PATH                  ./
COMPLEX               1
RECEPTOR              1
LIGAND                1
COMPT                 ./com.prmtop
RECPT                 ./rec.prmtop
LIGPT                 ./lig.prmtop
GC                    0
AS                    0
DC                    0
MM                    1
GB                    1
PB                    1
MS                    1
NM                    0
@PB
PROC                  2
REFE                  0
INDI                  1.0
EXDI                  80.0
SCALE                 2
LINIT                 1000
PRBRAD                1.4
ISTRNG                0.0
RADIOPT               0
NPOPT                 1
CAVITY_SURFTEN        0.0072
CAVITY_OFFSET         0.00
SURFTEN               0.0072
SURFOFF               0.00
@MM
DIELC                 1.0
@GB
IGB                   2
GBSA                  1
SALTCON               0.00
EXTDIEL               80.0
INTDIEL               1.0
SURFTEN               0.0072
SURFOFF               0.00
@MS
PROBE                 0.0
@PROGRAMS

输出文件得到snapshot.com.all.out 后就自动跳出不再继续算了，是哪里出错了，初学者请高人指点。谢谢啦～～～
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2011-05-27 11:49:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

petersen

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

我就来逛一下，可能也不知道答案，但是你连出错信息都没给出来，谁帮你啊～
赞一下 回复此楼
2楼2011-05-27 16:41:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mengyan142

木虫 (小有名气)
好吧，输出文件sander_rec.1.out报错为：

--------------------------------------------------------------------------------
   3.  ATOMIC COORDINATES AND VELOCITIES
--------------------------------------------------------------------------------

  FATAL: NATOM mismatch in coord and topology files
谢谢帮忙
赞一下 回复此楼
3楼2011-05-27 16:59:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sinokang

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
zh1987hs(金币+3): 谢谢 2011-06-05 22:40:15
mengyan142(金币+3): 2011-06-10 09:01:47
引用回帖:
Originally posted by mengyan142 at 2011-05-27 16:59:47:
好吧，输出文件sander_rec.1.out报错为：

--------------------------------------------------------------------------------
   3.  ATOMIC COORDINATES AND VELOCITIES
----------------------------- ...

坐标文件和top文件不一致，看看脚本中配体，受体，复合物的原子数是否写对了，然后重新生成snapshots
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2011-06-05 15:38:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 mengyan142 的主题更新
41/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料与化工306分找调剂 +12 沧海轻舟e 2026-04-03 13/650 2026-04-04 23:45 by lqwchd
[考研] 085600调剂 +4 1amJJ 2026-04-02 4/200 2026-04-04 21:53 by hemengdong
[考研] 求调剂 +6 熊二想上岸 2026-04-04 6/300 2026-04-04 20:43 by imissbao
[考研] 求生物学调剂 +14 15172915737 2026-04-01 14/700 2026-04-04 20:13 by babysonlkd
[考研] 一志愿安徽某211 0703化学总分339求调剂 +6 晚风不晚 2026-04-04 6/300 2026-04-04 20:11 by dongzh2009
[考研] 321求调剂 +13 认真求上学 2026-04-02 13/650 2026-04-04 18:23 by macy2011
[考研] 一志愿0817化学工程与技术，求调剂 +24 我不是只因 2026-04-02 28/1400 2026-04-04 15:15 by dongzh2009
[考研] 一志愿北交大材料工程总分358 +6 cs0106 2026-04-03 6/300 2026-04-04 11:20 by w_xuqing
[基金申请] 同年申报，是不是就不会派给你函评本子了？ +4 redcom 2026-03-29 4/200 2026-04-04 10:08 by kudofaye
[考研] 295求调剂 +3 尚偌呀 2026-04-03 4/200 2026-04-03 21:23 by zhq0425
[考研] 294求调剂 +6 Grey_Ey 2026-04-03 6/300 2026-04-03 20:46 by 欣喜777
[考研] 321求调剂 +17 y-yh 2026-04-01 20/1000 2026-04-03 12:57 by y-yh
[考研] 266分，一志愿电气工程，本科材料，求材料专业调剂 +9 哇呼哼呼哼 2026-04-02 9/450 2026-04-03 12:05 by 1753564080
[考研] 求调剂 +3 心想事成可 2026-04-03 3/150 2026-04-03 11:22 by wangjy2002
[考研] 372分材料与化工（085600）一志愿湖南大学求调剂 +5 蓝笺片 2026-04-02 6/300 2026-04-02 21:37 by dongzh2009
[考研] 材料0856 英一数二 323 求调剂 +10 袁sy 2026-04-01 10/500 2026-04-02 19:52 by xingsh
[考研] 能源动力 调剂 +3 不破不立0 2026-04-02 3/150 2026-04-02 12:46 by ffffjjjj
[考研] 08开头看过来！！！ +4 wwwwffffff 2026-03-31 6/300 2026-04-02 11:42 by 均值回归
[考研] 311求调剂 +10 李芷新1 2026-03-31 10/500 2026-04-01 14:38 by chenqifeng666
[考研] 269求调剂 +4 我想读研11 2026-03-31 4/200 2026-03-31 10:04 by cal0306
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭