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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 1900bp的一个属的细菌的片段用哪个什么方法可以直接测通
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dingjunrong

木虫 (小有名气)

[求助] 1900bp的一个属的细菌的片段用哪个什么方法可以直接测通

我用PCR扩增了一个属的保守片段，其中每个种的碱基会有不同，大约1900bp，用什么测序方法可以直接测我的PCR产物中1900bp的不同序列，从而鉴定其中的种，而不需要做基因文库~
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人生如戏~戏如人生
1楼 2011-05-25 16:12:22
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cdl007

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
dingjunrong(金币+5): 2011-05-25 22:12:35
西瓜(金币+4, EPI+1): Good 2011-05-26 12:45:51
引用回帖:
Originally posted by dingjunrong at 2011-05-25 16:12:22:
我用PCR扩增了一个属的保守片段，其中每个种的碱基会有不同，大约1900bp，用什么测序方法可以直接测我的PCR产物中1900bp的不同序列，从而鉴定其中的种，而不需要做基因文库~

测序保真度800bp左右，
1900bp分成3段600bp~800bp，6对引物pcr 3段产物，测完拼接

2段pcr，1000bp左右，双向测通也行，也要拼接一下

这个没啥难度，跟测序公司说就行，他们有这个服务的，收费也不高，就个引物的钱
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2楼2011-05-25 20:18:21
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dingjunrong

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by cdl007 at 2011-05-25 20:18:21:
测序保真度800bp左右，
1900bp分成3段600bp~800bp，6对引物pcr 3段产物，测完拼接

2段pcr，1000bp左右，双向测通也行，也要拼接一下

这个没啥难度，跟测序公司说就行，他们有这个服务的，收费也不高，就 ...

我这个是一个属的混合片段，可以直接测吗？虽然扩出来产物都是1900bp，但是这个PCR产物是不同种的混合片段，不是一种片段，要怎么测，用你说的方法可以吗？
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人生如戏~戏如人生
3楼2011-05-25 22:15:02
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poog502

木虫 (正式写手)
你这个混合片段是怎么得到的？有特异引物吗？有引物的话就可以让测序公司测通即可。但你的混合属的片段是怎么搞的，测出来不知道是哪个物种的。
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4楼2011-05-25 22:45:15
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shaquila

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
dingjunrong(金币+3): 2011-05-26 09:27:11
西瓜(金币+3): 我外行，不过感觉是个好主意。但代价会不会太大啊？ 2011-05-26 12:47:08
连载体测，可以得到比较好的结果
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5楼2011-05-26 08:11:11
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雪山飞狐7233

铁杆木虫 (著名写手)

铁杆小虫
学习中。
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梦在路就在！
6楼2011-05-26 08:32:17
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dingjunrong

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by poog502 at 2011-05-25 22:45:15:
你这个混合片段是怎么得到的？有特异引物吗？有引物的话就可以让测序公司测通即可。但你的混合属的片段是怎么搞的，测出来不知道是哪个物种的。

是通过特异性引物扩增的~
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人生如戏~戏如人生
7楼2011-05-26 09:26:40
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dingjunrong

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by shaquila at 2011-05-26 08:11:11:
连载体测，可以得到比较好的结果

连载体建基因文库太费时间了~
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人生如戏~戏如人生
8楼2011-05-26 09:27:46
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shaquila

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

你那个片段有很多东西吗，连载体，选几十个个克隆跑个pcr，然后跑个垂直电泳，长度可以分的比较开
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9楼2011-05-26 09:32:04
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poog502

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

dingjunrong(金币+2): 2011-05-26 14:40:55
引用回帖:
Originally posted by dingjunrong at 2011-05-26 09:26:40:
是通过特异性引物扩增的~

既然是特异引物扩增的，怎么说是混合的？是不是你把不同的种的样品混合，然后扩增得到的特异条带。等等，扩增出现了几条带？可以分开回收条带，分别交给公司直接测序。
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10楼2011-05-26 11:50:30
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