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dingjunrong

木虫 (小有名气)

[求助] 1900bp的一个属的细菌的片段用哪个什么方法可以直接测通

我用PCR扩增了一个属的保守片段,其中每个种的碱基会有不同,大约1900bp,用什么测序方法可以直接测我的PCR产物中1900bp的不同序列,从而鉴定其中的种,而不需要做基因文库~
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人生如戏~戏如人生
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cdl007

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
dingjunrong(金币+5): 2011-05-25 22:12:35
西瓜(金币+4, EPI+1): Good 2011-05-26 12:45:51
引用回帖:
Originally posted by dingjunrong at 2011-05-25 16:12:22:
我用PCR扩增了一个属的保守片段,其中每个种的碱基会有不同,大约1900bp,用什么测序方法可以直接测我的PCR产物中1900bp的不同序列,从而鉴定其中的种,而不需要做基因文库~

测序保真度800bp左右,
1900bp分成3段600bp~800bp,6对引物pcr 3段产物,测完拼接

2段pcr,1000bp左右,双向测通也行,也要拼接一下

这个没啥难度,跟测序公司说就行,他们有这个服务的,收费也不高,就个引物的钱
2楼2011-05-25 20:18:21
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dingjunrong

木虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by cdl007 at 2011-05-25 20:18:21:
测序保真度800bp左右,
1900bp分成3段600bp~800bp,6对引物pcr 3段产物,测完拼接

2段pcr,1000bp左右,双向测通也行,也要拼接一下

这个没啥难度,跟测序公司说就行,他们有这个服务的,收费也不高,就 ...

我这个是一个属的混合片段,可以直接测吗?虽然扩出来产物都是1900bp,但是这个PCR产物是不同种的混合片段,不是一种片段,要怎么测,用你说的方法可以吗?
人生如戏~戏如人生
3楼2011-05-25 22:15:02
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poog502

木虫 (正式写手)

你这个混合片段是怎么得到的?有特异引物吗?有引物的话就可以让测序公司测通即可。但你的混合属的片段是怎么搞的,测出来不知道是哪个物种的。
4楼2011-05-25 22:45:15
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shaquila

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
dingjunrong(金币+3): 2011-05-26 09:27:11
西瓜(金币+3): 我外行,不过感觉是个好主意。但代价会不会太大啊? 2011-05-26 12:47:08
连载体测,可以得到比较好的结果
5楼2011-05-26 08:11:11
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雪山飞狐7233

铁杆木虫 (著名写手)

铁杆小虫

学习中。
梦在路就在!
6楼2011-05-26 08:32:17
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dingjunrong

木虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by poog502 at 2011-05-25 22:45:15:
你这个混合片段是怎么得到的?有特异引物吗?有引物的话就可以让测序公司测通即可。但你的混合属的片段是怎么搞的,测出来不知道是哪个物种的。

是通过特异性引物扩增的~
人生如戏~戏如人生
7楼2011-05-26 09:26:40
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dingjunrong

木虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by shaquila at 2011-05-26 08:11:11:
连载体测,可以得到比较好的结果

连载体建基因文库太费时间了~
人生如戏~戏如人生
8楼2011-05-26 09:27:46
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shaquila

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

你那个片段有很多东西吗,连载体,选几十个个克隆跑个pcr,然后跑个垂直电泳,长度可以分的比较开
9楼2011-05-26 09:32:04
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poog502

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

dingjunrong(金币+2): 2011-05-26 14:40:55
引用回帖:
Originally posted by dingjunrong at 2011-05-26 09:26:40:
是通过特异性引物扩增的~

既然是特异引物扩增的,怎么说是混合的?是不是你把不同的种的样品混合,然后扩增得到的特异条带。等等,扩增出现了几条带?可以分开回收条带,分别交给公司直接测序。
10楼2011-05-26 11:50:30
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