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xiao72379木虫 (正式写手)
宅男甲
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[求助]
求助vasp做过电荷密度差分的文献以及答疑，谢谢！
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Sample Text 大家好 以前我分析成键都用DOS+ELF+Bader 最近的一个工作 我师姐建议做下电荷差分密度（charge density difference） 我没做过 请大家帮忙 谢了先！ 1）求用vasp做过电荷密度差分的文献 这个用ISI实在不好查 老板催工作我时间又不多- - 如果同学手上有现成的文献给我参考 感激不尽 2）查了下论坛原来的帖子 找到一个我认为比较好的参考贴[http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2129228]（我不知道如何给他金币，版主看到了教下我，呵呵），渔火江枫 的 先引用下： VASP与电荷密度差 一般分为：差分电荷密度图(deformation charge density)，二次差分电荷密度图(difference charge density) 两者的区别有很多种说法，其中一种定义认为： 差分电荷定义为成键后的电荷密度与对应的点的原子电荷密度之差。通过差分电荷密度的计算和分析，可以清楚地得到在成键和成键电子耦合过程中的电荷移动以及成键极化方向等性质。 “二次”是指同一个体系化学成分或者几何构型改变之后电荷的重新分布。 如何做对电荷密度做差，目前有两个版本的公式：  人认为公式(1)和差分电荷密度的定义比较吻合,但是这种方法会产生很多干扰信息，而文献中常用的是公式(2)。 如何用VASP做电荷密度差图？ ① 对优化后的结构做静态自洽计算 要注意的是，AB、A和B要分别放在同样大小的空间格子中并保证A和B与AB中相应坐标不变，计算时也要保证三次自洽计算所采用的FFT mesh 一致（NGXF,NGYF,NGZF）。 INCAR中几个注意的参数： IBRION = -1;NSW = 0; NGXF,NGYF,NGZF ② 做差 将第一步得到的三个CHGCAR文件依次命名为CHGCAR1、CHGCAR2、CHGCAR3，采用脚本程序按照公式②对三个文件做差，得到CHGdiff文件。 ③ 视图 3D显示可以将得到的CHGdiff文件添加vasp后缀(CHGdiff.vasp)，用VESTA读取，另外VESTA也可以做2D切面，缺点是没有标度。 2D的显示也可以用lev00去做切面，然后用origin作图，得到的2D面电荷密度差带有标度便于分析(具体做法可参阅lev00说明书)。 好了 我的问题就是 比如我的体系 基底是A材料 然后呢是多个B原子吸附或者是嵌入（这里你视为化学键合的作用就行），形成了A（B）n,对上面的公式2应用到我的体系如何处理？比如说步骤中的1,2步 B做静态自洽计算的时候 是n个B一起算（我理解是扣除A的所有坐标得n个B的坐标，不知对否）还是一个一个B分开算，如果是分开，那脚本做CHGdiff如何做呢？如果都不是，请教下我该如何做，谢谢！ [ Last edited by xiao72379 on 2011-5-25 at 10:32 ] |
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2楼2011-05-25 19:46:56
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【答案】应助回帖
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xiao72379(金币+10): 感谢回帖 2011-05-26 09:11:34
youzhizhe(金币+2, 1ST强帖+1): 谢谢交流。 2011-05-26 19:27:15
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好了 我的问题就是 比如我的体系 基底是A材料 然后呢是多个B原子吸附或者是嵌入（这里你视为化学键合的作用就行），形成了A（B）n,对上面的公式2应用到我的体系如何处理？比如说步骤中的1,2 步 B做静态自洽计算的时候 是n个B一起算（我理解是扣除A的所有坐标得n个B的坐标，不知对否）还是一个一个B分开算，如果是分开，那脚本做CHGdiff如何做呢？如果都不是，请教下我该如何做，谢谢！ 方案一里面：把B当做一个整体，主要考虑的是A整体和B的作用。 方案二里面：实际上考虑了A和B的作用，还考虑了B与B之间的作用。 所以重点看你关注什么，衬底与吸附原子之间的作用还是吸附原子之间的作用。两种作用之间的强弱关系？看你的意思。如果B形成了团簇，方案一可能是你关注的，如果B比较离散，作用力较弱，方案一也可以。如果BB之间作用力介于他们之间，和衬底的作用类似，分析起来就比较吃力了。 操作起来其实还不是太难，记得p4vasp好像可以做这个。 |
5楼2011-05-26 08:43:26
xiao72379
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我的情况是：B在体系A表面不成团簇，B与A体系的作用从bader计算看是有一个|e|左右的电子从B转移到体系A（B是2价主族元素） DOS上看B的S电子与体系A的峰有杂化现象，呈现一定的共价成分，不过B的S电子在费米能级附近有明显裂分现象，一个峰出现在价带，一个峰出现在导带，还是很好的印证了bader电荷分析的结果。所以我初步判断了B与A体系的键合作用是主离子性辅共价性的混合键性。做电荷差分是进一步支持下我的论点。我在计算过程中除了考虑一个B与A的作用，也做了多个B与A的作用。当然一个B与A的作用做电荷差分现在看来我在步骤上已经是清楚了，但当多个的时候，情况应该是A与B是较强的化学作用，BB之间作用较弱，从ELF做的图看，没有化学键，顶多是静电排斥，我主要关心的是B与A的键合情况是不是我上面提到的情况，这个差分做出来也是为了多一个证据说明。写的有点乱，总结下就是：B不成团簇，B较分散，但不同B的化学环境是不同的，因为他们嵌入的位置不一样，不过成键性质是一样的（比如dos+ELF的结果显示定性是类似的，不过是定量上的不一样）。我确定B与A之间有化学键合，我希望做差分进一步研究成键情况，当然结果能匹配我上面提到的 我已经做过的一些成键分析结果是最好的了。如果是B一起做个差分（考虑到相同键性），我还能分析到每个B与A的电荷转移情况？还是该一个一个来？如你做过，能不能给个细致点的操作步骤，如何处理vasp文件进行计算得到差分结果？ |
6楼2011-05-26 09:51:12
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