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QMolSymmetry:分子对称性识别，调整，优化（C++源码）
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QMolSymmetry:分子对称性识别，调整，优化（源码，原创） 系统：Linux，QT4.7/OpenBabel（C++)写成，源码，请自行编译，欢迎批评指正，欢迎加入新功能，欢迎使用，欢迎...... 功能：分子显示，对称性识别，调整，优化，对称性升高、降低，对称性补全，对称元素显示、键长，键角，二面角调整，等等。 精度：16位，显示12位，可以修改源码调整 缺点：没windows版，不支持晶体结构文件， 有问题请与我联系，zhangfq7112@126.com 四个包，115网盘（http://u.115.com） 提取码：bhbphm97，e60q63jn，aq2si7jr，dn4qduqu，aq2sdrzk 编译方法，四个包： (1) compile eigen: tar -xvf eigen.tar cd eigen/build cmake ../ （请装cmake） make install (root) (2) compile QGLViewer(2.3.6). The latest version 2.3.9 do not work properly and I do not know why. tar -xvf QGLViewer.tar cd QGLViewer qmake (i请装 QT4.7,并设置环境变量) make install (root) (3) compile openbabel and do not use the latest one in the official website(I add a lots to this package) tar -xvf openbabel.tar cd openbabel/build cmake ../ make install (root) (4) compile QMolSymmetry tar -xvf qms.tar cd qms qmake make 可执行文件在bin下 使用要点： （1）打开的分子没化学键时，按左边rebond （2）对称性识别，调整tolerance,点find，分子自动放好后，点refine，即得数据。 （3）对称性从高-->低时，选择需要的对称性（左边第一个），打开对称元素显示（在分子显示窗口点一下鼠标左键，按键盘p, v，d，h，2, 3, 4等），手动旋转分子到合理位置（左边rotate, translate），倒数第六个按钮，可以多点几下，再refine。 （4）对称性从低-->高时，增大tolerance去识别，成功，点refine即可；若误差太大，识别失败，需手工调整，与对称性从高-->低方法一样。当然，还可以删去某些原子，放好分子后有patch补全，再refine。 [ Last edited by zhangfq7112 on 2011-5-21 at 15:04 ] |
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4楼2011-05-21 14:13:26
2楼2011-05-20 23:00:31
★★★★★ 五星级,优秀推荐
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提取链接在这: http://u.115.com/file 说是四个包, 但bhbphm97是txt文件, 没见着qms.tar. 还是去google code, github, source forge之类的开个项目吧. 网盘不利于交流. http://code.google.com/ https://github.com/ |
3楼2011-05-21 14:01:53
6楼2011-05-25 18:34:58
20