| 查看: 2329 | 回复: 6 | ||
| 【奖励】 本帖被评价3次，作者zhangfq7112增加金币 2.4 个 | ||
[资源]
QMolSymmetry:分子对称性识别，调整，优化（C++源码）
|
||
QMolSymmetry:分子对称性识别，调整，优化（源码，原创） 系统：Linux，QT4.7/OpenBabel（C++)写成，源码，请自行编译，欢迎批评指正，欢迎加入新功能，欢迎使用，欢迎...... 功能：分子显示，对称性识别，调整，优化，对称性升高、降低，对称性补全，对称元素显示、键长，键角，二面角调整，等等。 精度：16位，显示12位，可以修改源码调整 缺点：没windows版，不支持晶体结构文件， 有问题请与我联系，zhangfq7112@126.com 四个包，115网盘（http://u.115.com） 提取码：bhbphm97，e60q63jn，aq2si7jr，dn4qduqu，aq2sdrzk 编译方法，四个包： (1) compile eigen: tar -xvf eigen.tar cd eigen/build cmake ../ （请装cmake） make install (root) (2) compile QGLViewer(2.3.6). The latest version 2.3.9 do not work properly and I do not know why. tar -xvf QGLViewer.tar cd QGLViewer qmake (i请装 QT4.7,并设置环境变量) make install (root) (3) compile openbabel and do not use the latest one in the official website(I add a lots to this package) tar -xvf openbabel.tar cd openbabel/build cmake ../ make install (root) (4) compile QMolSymmetry tar -xvf qms.tar cd qms qmake make 可执行文件在bin下 使用要点： （1）打开的分子没化学键时，按左边rebond （2）对称性识别，调整tolerance,点find，分子自动放好后，点refine，即得数据。 （3）对称性从高-->低时，选择需要的对称性（左边第一个），打开对称元素显示（在分子显示窗口点一下鼠标左键，按键盘p, v，d，h，2, 3, 4等），手动旋转分子到合理位置（左边rotate, translate），倒数第六个按钮，可以多点几下，再refine。 （4）对称性从低-->高时，增大tolerance去识别，成功，点refine即可；若误差太大，识别失败，需手工调整，与对称性从高-->低方法一样。当然，还可以删去某些原子，放好分子后有patch补全，再refine。 [ Last edited by zhangfq7112 on 2011-5-21 at 15:04 ] |
回复此楼» 猜你喜欢
海南大学全国重点实验室杨金霖老师招收储能电池方向博士生（2026年3月报名，9月入学）
已经有2人回复
-
海南师范大学2026年博士研究生招收 (在职想提升学历人员可报考) 申请考核制+普通招考
已经有1人回复
-
物理化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有214人回复
-
JACS投稿
已经有0人回复
-
26年储能、电池方向博士申请
已经有1人回复
-
中科院深圳先进技术研究院成会明院士/唐永炳杰青团队拟招聘博士后若干名。
已经有11人回复
-
考研调剂
已经有1人回复
-
304求调剂
已经有1人回复
-
大连工业大学杰青/长江团队招收储能电池方向博士
已经有12人回复
-
文献求助
已经有0人回复
-
0856求调剂285
已经有6人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 请教一个老问题：结构优化时的对称性问题
已经有17人回复
- 量子化学中的几何对称性破缺
已经有8人回复
- 求多目标优化问题源码
已经有11人回复
- 求可以说明主客体分子识别的实验
已经有10人回复
- axis与symmetry的选用
已经有7人回复
- 分子为什么要有对称性呢? 求高人解除痛苦
已经有9人回复
- 分子对称性的选择问题
已经有4人回复
- find symmetry精度选择问题
已经有6人回复
- 【求助】ISIF=3全局优化和对称性改变的问题
已经有7人回复
- 【求助】Symmetry code如何求得
已经有6人回复
- 【求助】对称分子如何完美构建
已经有13人回复
- 【分享】c++ 课件及配套源码笔记
已经有6人回复
2楼2011-05-20 23:00:31
★★★★★ 五星级,优秀推荐
|
提取链接在这: http://u.115.com/file 说是四个包, 但bhbphm97是txt文件, 没见着qms.tar. 还是去google code, github, source forge之类的开个项目吧. 网盘不利于交流. http://code.google.com/ https://github.com/ |
3楼2011-05-21 14:01:53
4楼2011-05-21 14:13:26
5楼2011-05-21 16:15:53
6楼2011-05-25 18:34:58
7楼2011-05-26 08:33:15
10