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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 做RT-PCR时该用哪段氨基酸序列设计引物
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DONGFANGXYZ

金虫 (小有名气)

[求助] 做RT-PCR时该用哪段氨基酸序列设计引物

我要从植物中提取一种酶，但这种酶很难纯化，而且这种酶在其他植物中也没有报道。在菌中有报道这种酶并可查到其氨基酸序列。
   现在我想根据这个菌中报道的氨基酸序列来设计引物，从我的植物中提取RNA来做RT-PCR。
   请问这个引物的设计要用哪一段氨基酸序列呢？是N端和C端吗？菌中的N端和C端氨基酸序列会和我要提取的植物中的氨基酸序列相同吗？N端和C端是保守序列吗？

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1楼 2011-05-17 14:34:53
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DONGFANGXYZ

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 西瓜 at 2011-05-17 16:52:27:
你是要做定量还是扩增这个基因？

我只知道这个酶菌中的氨基酸序列，不知道DNA序列，想根据菌中的氨基酸序列设计引物，从植物中提取RNA做RT-PCR后转录进大肠杆菌确定出这个酶的大小，再从植物中分离出此酶。
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6楼2011-05-17 18:50:00
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love_st

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

DONGFANGXYZ(金币+2): 谢谢你，本人底子比较差，第一次做PCR，很多地方都不懂，还请多多关照。 2011-05-17 16:16:02
N端和C端都没有关系，因为你这个植物里没有相关的基因，所以你只能把菌的相关基因进行比对，同时也可以找和这个植物物种比较接近的进行比对，然后设计简并引物
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2楼2011-05-17 16:00:58
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DONGFANGXYZ

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by love_st at 2011-05-17 16:00:58:
N端和C端都没有关系，因为你这个植物里没有相关的基因，所以你只能把菌的相关基因进行比对，同时也可以找和这个植物物种比较接近的进行比对，然后设计简并引物

“菌的相关基因比对”是菌内发现的和这个酶的氨基酸序列相似度高的序列进行比对，然后找出相同氨基酸序列，用相同的序列来设计引物么？
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3楼2011-05-17 16:10:57
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love_st

金虫 (著名写手)
菌内编码你这个酶的基因进行比对找出保守的，最好多找一些相关基因，物种越近越好吧
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4楼2011-05-17 16:25:20
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