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易风朔儿

金虫 (知名作家)

[求助] 有关pymol的问题

请问pymol中如何形成图片中的结构，我只能将两个结构叠加，像这样多个结构就不行了，向高手请教！！！
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1楼 2011-05-12 16:54:45
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御剑江湖

荣誉版主 (著名写手)

天池冶海

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
zh1987hs(金币+5): 谢谢 2011-05-13 12:53:21
易风朔儿(金币+3): 很好用，谢谢！！ 2011-05-13 16:26:41
引用回帖:
Originally posted by 易风朔儿 at 2011-05-12 16:54:45:
请问pymol中如何形成图片中的结构，我只能将两个结构叠加，像这样多个结构就不行了，向高手请教！！！

解决办法，仅供参考

方法1：
在命令行输入>align mol_A, mol_B
方法2：
在右侧菜单中，点击ref分子的 A(action)->align->all to this， 可以让其他的都和这个做align
方法3：
如果两个分子的同源性不好，可能会叠合的很差，可以使用 cealign
http://www.pymolwiki.org/index.php/Cealign  
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莫问前尘事，只怜今世缘，承临纵横风，御剑凡尘路，蹉跎浮华，嬉笑洒脱。
2楼2011-05-12 22:07:47
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lsmmaomao

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 御剑江湖 at 2011-05-12 22:07:47:
解决办法，仅供参考

方法1：
在命令行输入>align mol_A, mol_B
方法2：
在右侧菜单中，点击ref分子的 A(action)->align->all to this， 可以让其他的都和这个做align
方法3：
如果两个分子的同 ...

你好！请问怎么安装CEAilgn呢？我按照官网教程，它说需要将pymol安装在BASE 盘里比如C/pymol_1.4.1 但是我安装了PYTHON以后，pymol就自动默认安装在C/python/pymol_1.4.1 了，怎么办呢？？
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3楼2011-08-16 14:08:30
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flyingkid

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-09-18 17:18:49
如果序列相似度低而结构相似性高可以用super命令（superposition），可以写个脚本把所有的分子都super到一个分子上
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4楼2011-09-17 19:07:24
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michellefei

新虫 (初入文坛)
请问可以让所有的都叠加想要的某个helix上吗？
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5楼2012-01-11 23:00:16
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易风朔儿

金虫 (知名作家)
引用回帖:
楼: Originally posted by michellefei at 2012-01-11 23:00:16:
请问可以让所有的都叠加想要的某个helix上吗？

可以，先选择然后参考2楼的方法2
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6楼2012-01-12 00:02:47
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