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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 崩溃了，土壤DNA提取
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yabing0324

金虫 (职业作家)

[求助] 崩溃了，土壤DNA提取

请问做过的同学，提取土壤DNA用什么方法，我做的纠结死了，我看文献报道，用石英砂研磨，SDS提取，酚氯仿异戊醇抽提两次，可是提出来都是深棕色不溶物，电泳可看到条带；

另外一个问题，不同微生物添加量的土样，提出来的浓度是一样的，郁闷啊，所加提取液为1毫升。我个人感觉要么就是研磨不充分，要么就是提取液的用量太少，请各位生物达人多提提意见！谢谢！

我主要是提取土壤中一种真菌的DNA
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1楼 2011-05-09 21:48:30
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冰鱼儿

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

yabing0324(金币+3): 谢谢 2011-05-11 10:15:41
你的感觉对啊，再改进改进，研磨一定要充分的~不行试剂可以换新的再试试
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2楼2011-05-09 22:38:31
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zhuqiushi

至尊木虫 (正式写手)

Juventus

【答案】应助回帖

★ ★
yabing0324(金币+3): 好的，下次试一试酶解的方法 2011-05-11 10:16:20
lstt09nk(金币+2): 感谢交流 2011-05-14 09:27:15
上大学做毕设的时候做过一次土壤中总DNA的提取，我没有用石英砂，而是在SDS提取前加的DNA提取液+蛋白酶K，我只做过一次，仅供参考
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日子就是问题叠着问题，要挺胸抬头去面对
3楼2011-05-10 08:52:39
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farmer009

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
yabing0324(金币+3): 是啊，好的都挺贵！ 2011-05-11 10:16:54
lstt09nk(金币+2): 感谢推荐 2011-05-14 09:27:28
提土壤样品，可以尝试一下用试剂盒，不过就是比较贵奥！我们这用的是进口的PowerMax Soil DNA Isolation Kit，效果还行。
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4楼2011-05-10 09:39:43
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yanying198

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

yabing0324(金币+3): 谢谢哦！ 2011-05-11 10:18:11
你可以看看这个网站，也是关于你这个问题的 http://bbs.bbioo.com/thread-50852-1-1.html
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5楼2011-05-11 08:57:28
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spirit-001

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

用试剂盒吧 我们这做的 用试剂盒提取的  生工就有  手提的效果不怎么的好
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6楼2011-05-11 14:14:12
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lhwen182

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

yabing0324(金币+3): 2011-05-11 22:06:47
直接用SDS法提效果还好啊。土壤样品加一定量的水200r/min要30min作用，低转速离心去较大固形物，取上清再高速离心取菌体再提总DNA。最后提的效果还好的。
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7楼2011-05-11 14:21:45
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yabing0324

金虫 (职业作家)
引用回帖:
Originally posted by lhwen182 at 2011-05-11 14:21:45:
直接用SDS法提效果还好啊。土壤样品加一定量的水200r/min要30min作用，低转速离心去较大固形物，取上清再高速离心取菌体再提总DNA。最后提的效果还好的。

嗯，我看有的就是用TENP和PBS进行预处理，或者是磷酸缓冲液，我对您的方法有一个小小的疑问，就是刚开始低速离心的时候，会不会把菌也离下去呢？

请问你做的时候是提的土壤总DNA还是针对其中的细菌或是真菌，我的是真菌，而且这个真菌是以菌核形式存在的，破壁什么的不好整呢、、、
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8楼2011-05-11 16:00:40
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lhwen182

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
lstt09nk(金币+3): 感谢参与 2011-05-14 09:28:00
我做的主要是土壤里的细菌，真菌的差别我不是很清楚。一般低速离心对细菌的影响不是很大，它主要是去固形物小颗粒的。
我提过一次酒曲里的总DNA（主要是细菌），样品合适颜色很深，不过两部抽提后颜色也基本没有了，跑胶效果还好，后面的PCR也可以。
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9楼2011-05-11 19:53:07
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yabing0324

金虫 (职业作家)
引用回帖:
Originally posted by lhwen182 at 2011-05-11 19:53:07:
我做的主要是土壤里的细菌，真菌的差别我不是很清楚。一般低速离心对细菌的影响不是很大，它主要是去固形物小颗粒的。
我提过一次酒曲里的总DNA（主要是细菌），样品合适颜色很深，不过两部抽提后颜色也基本没有 ...

真菌细菌的细胞壁成分不一样，我想可能对于破壁的方法会有所区别，非常感谢您的答复！
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10楼2011-05-11 21:48:40
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