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yujijiang

铜虫 (初入文坛)

[求助] DGGE上样孔很亮,DNA跑不下来

最近在做氨氧化细菌的生物多样性,我扩增了amoA的基因特异性很好,条带单一,但是做DGGE时好多跑不出孔,已经尝试了很多次,情况依旧。请各位大虾给小弟指点迷津。。。万分感谢!
DGGE的条件:6%的胶,变性梯度是30-60%,没有堆积胶,上样前PCR产物为纯化,上样前会将孔冲洗一下,电泳时间90V,13h。
我灌胶是做的0%和100%的母液,灌胶时高低浓度为14毫升,加入100微升APS和9微升的TEMED。
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圣迭戈

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 在雨中 at 2011-05-05 12:26:30
我做过Archaea 的amoA基因的DGGE,效果很好。
细菌的amoA基因的DGGE没做过。呵呵。
Archaeal amoA genes were amplified using primers CrenamoA-23f and CrenamoA-616r without the requirement of a GC clamp.
...

请问大牛的archaeal amoA 基因DGGE上样多少微升啊?纯不纯化?
为什么不用GC夹呢?
12楼2014-06-13 16:10:20
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在雨中

金虫 (著名写手)


【答案】应助回帖

★ ★ ★
lstt09nk(金币+3): 感谢交流,欢迎常来 2011-05-05 18:22:07
我做过Archaea 的amoA基因的DGGE,效果很好。
细菌的amoA基因的DGGE没做过。呵呵。
Archaeal amoA genes were amplified using primers CrenamoA-23f and CrenamoA-616r without the requirement of a GC clamp.
Archaeal amoA gene DGGE protocol: 0.75-mm-thick 8% (w/v) polyacrylamide gels, 15% to 60%,Gels were electrophoresed in 1 × TAE buffer at 60 °C for 14 h at 90 V.
楼主可以将你的引物序列,名称,PCR程序贴出来看看
2楼2011-05-05 12:26:30
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冬虫夏草1

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

yujijiang(金币+1): 2011-05-05 13:31:18
你做的应该是SDS-PAGE电泳吧!
若是,请确定PAGE胶浓度与蛋白分子量关系,6%的胶不一定合适,做梯度吧,多尝试!
你说的“没有堆积胶”是指浓缩胶吧,一般都要的。
倚楼听风雨,淡看江湖路!
3楼2011-05-05 13:00:00
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yujijiang

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
Originally posted by 在雨中 at 2011-05-05 12:26:30:
我做过Archaea 的amoA基因的DGGE,效果很好。
细菌的amoA基因的DGGE没做过。呵呵。
Archaeal amoA genes were amplified using primers CrenamoA-23f and CrenamoA-616r without the requirement of a GC clamp ...

首先感谢你的回帖,呵呵。。。我在
想是否是30%的梯度仍然太高了,以至于无法跑下来呢?
4楼2011-05-05 13:34:01
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