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yujijiang

铜虫 (初入文坛)

[求助] DGGE上样孔很亮,DNA跑不下来

最近在做氨氧化细菌的生物多样性,我扩增了amoA的基因特异性很好,条带单一,但是做DGGE时好多跑不出孔,已经尝试了很多次,情况依旧。请各位大虾给小弟指点迷津。。。万分感谢!
DGGE的条件:6%的胶,变性梯度是30-60%,没有堆积胶,上样前PCR产物为纯化,上样前会将孔冲洗一下,电泳时间90V,13h。
我灌胶是做的0%和100%的母液,灌胶时高低浓度为14毫升,加入100微升APS和9微升的TEMED。
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圣迭戈

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 在雨中 at 2011-05-05 12:26:30
我做过Archaea 的amoA基因的DGGE,效果很好。
细菌的amoA基因的DGGE没做过。呵呵。
Archaeal amoA genes were amplified using primers CrenamoA-23f and CrenamoA-616r without the requirement of a GC clamp.
...

请问大牛的archaeal amoA 基因DGGE上样多少微升啊?纯不纯化?
为什么不用GC夹呢?
12楼2014-06-13 16:10:20
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