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DGGE上样孔很亮，DNA跑不下来
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最近在做氨氧化细菌的生物多样性，我扩增了amoA的基因特异性很好，条带单一，但是做DGGE时好多跑不出孔，已经尝试了很多次，情况依旧。请各位大虾给小弟指点迷津。。。万分感谢！ DGGE的条件：6%的胶，变性梯度是30-60%，没有堆积胶，上样前PCR产物为纯化，上样前会将孔冲洗一下，电泳时间90V，13h。 我灌胶是做的0%和100%的母液，灌胶时高低浓度为14毫升，加入100微升APS和9微升的TEMED。  |
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3楼2011-05-05 13:00:00
【答案】应助回帖
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lstt09nk(金币+3): 感谢交流，欢迎常来 2011-05-05 18:22:07
lstt09nk(金币+3): 感谢交流，欢迎常来 2011-05-05 18:22:07
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我做过Archaea 的amoA基因的DGGE，效果很好。 细菌的amoA基因的DGGE没做过。呵呵。 Archaeal amoA genes were amplified using primers CrenamoA-23f and CrenamoA-616r without the requirement of a GC clamp. Archaeal amoA gene DGGE protocol: 0.75-mm-thick 8% (w/v) polyacrylamide gels, 15% to 60%,Gels were electrophoresed in 1 × TAE buffer at 60 °C for 14 h at 90 V. 楼主可以将你的引物序列，名称，PCR程序贴出来看看 |
2楼2011-05-05 12:26:30
4楼2011-05-05 13:34:01
5楼2011-05-05 13:35:14