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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Monte Carlo » 使用towhee进行GEMC模拟相平衡的MC运动定义问题..
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hyff

铁虫 (初入文坛)

[求助] 使用towhee进行GEMC模拟相平衡的MC运动定义问题..

towhee新手，想使用GEMC方法来模拟二元相平衡。
目前已经建立了两个盒子来模拟气液两相，BOX1初始为气相分子200个，BOX2初始为液相分子200个。

MC运动函数部分是从example里的Amber_IsoPropanol这个基础上尝试改为二元体系的，根据说明将相关的pm2cbswmt，pmcbmt等都赋了两个值，但试算之后发现只有BOX1中的气相分子可以插入BOX2，BOX2中的液相分子无法插入BOX1，结果也就无法达到化学势平衡。

求教使用过towhee进行过GEMC模拟和相平衡模拟的高手指点交流..
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1楼 2011-05-05 09:57:37
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zyj8119

木虫 (著名写手)
★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-05-05 12:05:11
引用回帖:
Originally posted by hyff at 2011-05-05 09:57:37:
towhee新手，想使用GEMC方法来模拟二元相平衡。
目前已经建立了两个盒子来模拟气液两相，BOX1初始为气相分子200个，BOX2初始为液相分子200个。

MC运动函数部分是从example里的Amber_IsoPropanol这个基础上尝试 ...

GEMC貌似有一个更好的代码。。。
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好好学习，天天向上。
2楼2011-05-05 10:38:06
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hyff

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2011-05-05 10:38:06:
GEMC貌似有一个更好的代码。。。

哦？是么，我看一般GEMC做相平衡模拟都用的是towhee啊……
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3楼2011-05-05 10:42:40
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043114076

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
hyff(金币+2): 感谢回应~ 2011-05-05 14:29:04
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-05-05 21:29:24
我也尝试过气液平衡模拟，确实比较难
你的pm2cbswmt，pmcbmt　如何赋值的贴出来看看，
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4楼2011-05-05 13:22:11
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hyff

铁虫 (初入文坛)
★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-05-05 21:29:38
引用回帖:
Originally posted by 043114076 at 2011-05-05 13:22:11:
我也尝试过气液平衡模拟，确实比较难
你的pm2cbswmt，pmcbmt　如何赋值的贴出来看看，

贴一个我最新修改的，因为这个东西我们组之前完全没人做过，我是第一个做的……然后都是按我自己的理解写的，哪里不对的烦请指正一下。

pmvol
0.002d0   
          pmvlpr
          1.0d0
          rmvol
          0.1d0
          tavol
          0.5d0
pm2boxcbswap
0.4d0     
          pm2cbswmt
          0.5d0 1.0d0
          pm2cbswpr
          1.0d0
pmcb
0.6d0     
          pmcbmt
          0.5d0 1.0d0
          pmall
          0.0d0 0.0d0
pmtracm
0.8d0          
          pmtcmt
          0.5d0 1.0d0
          rmtrac
          0.5d0
          tatrac
          0.5d0
pmrotate
1.0d0
          pmromt
          0.5d0 1.0d0
          rmrot
          0.05d0
          tarot
          0.5d0
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5楼2011-05-05 14:30:26
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043114076

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
hyff(金币+5): 感谢回应~ 2011-05-06 14:45:47
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-05-06 19:32:04
不太清楚你使用的是什么分子,我的理解是这样的:由于分子之间结合能比较大使得从液相拿出一个分子相当不容易,所以你可以尝试加大从box2到box1的概率.另外,你的两个初始盒子是怎么得到的?是否合理?
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6楼2011-05-06 13:58:56
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hyff

铁虫 (初入文坛)
★ ★
zh1987hs(金币+2): 鼓励交流 2011-05-06 22:39:14
引用回帖:
Originally posted by 043114076 at 2011-05-06 13:58:56:
不太清楚你使用的是什么分子,我的理解是这样的:由于分子之间结合能比较大使得从液相拿出一个分子相当不容易,所以你可以尝试加大从box2到box1的概率.另外,你的两个初始盒子是怎么得到的?是否合理?

初始盒子是用‘dimensions’的方法建立的，hmatrix矩阵的值是通过密度和分子数算出来的……
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7楼2011-05-06 14:50:26
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043114076

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
hyff(金币+8): 谢谢~ 2011-05-06 15:53:17
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-05-06 19:32:13
建议首先运行MC或者MD分别得到平衡的气相和液相,然后再进行GEMC.
如果要得到液相的平衡态的话最好使用MD,我用过towhee跑平衡态,实在是太慢了
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8楼2011-05-06 15:24:06
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zhang_jaj

木虫 (正式写手)
引用回帖:
563424楼: Originally posted by hyff at 2011-05-05 09:57:37:
towhee新手，想使用GEMC方法来模拟二元相平衡。
目前已经建立了两个盒子来模拟气液两相，BOX1初始为气相分子200个，BOX2初始为液相分子200个。

MC运动函数部分是从example里的Amber_IsoPropanol这个基础上尝试 ...

你好，我最近纠结了towhee好久，就是不会运行啊，麻烦能否给我个比较好的towhee-mannul或者资料。自己一个人摸索呢，感觉实在无头绪
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9楼2012-04-17 15:28:35
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xiaoyang2011

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
638351楼: Originally posted by 043114076 at 2011-05-06 13:58:56:
不太清楚你使用的是什么分子,我的理解是这样的:由于分子之间结合能比较大使得从液相拿出一个分子相当不容易,所以你可以尝试加大从box2到box1的概率.另外,你的两个初始盒子是怎么得到的?是否合理?

初始盒子一般应该怎么设置呢？还有初始分子数跟分子类型有没有什么关系呀？
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略懂编程的化工研发员
10楼2012-05-07 11:16:09
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