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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 关于PFGE的问题
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huangqihong

铁虫 (小有名气)

[求助] 关于PFGE的问题

请教各位大虾，如附件，我跑了2次原核生物全基因组的PFGE，这菌株在基因组外还有游离的质粒。第一次似乎DNA都没有跑出胶块（后面4个泳道是经过SalI酶切的基因组），当时怀疑用的细胞太多，第二次用的细胞量减少了，但是为什么还是没有跑出东西？求解
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王营wy

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1楼 2011-04-28 22:45:16
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gaoyang636

木虫 (著名写手)
胶浓度？ 电压？电泳时间？ 啥的 详细说说先～
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2楼2011-04-29 18:27:00
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huangqihong

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by gaoyang636 at 2011-04-29 18:27:00:
胶浓度？ 电压？电泳时间？ 啥的 详细说说先～

电泳条件：5-50s, 6V/cm, 20h, 14°。胶浓度：1%。
这些都是参照文献里面的条件，他们做的菌和我做的同一个属，应该差别不大。但就是不知道怎么回事
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3楼2011-04-29 22:24:12
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王营wy

新虫 (初入文坛)
你好，楼主，我跑的乳杆菌的PFGE，用酶XbaI处理，电泳后跟你的图相似，点样孔很亮，泳道没有条带，不知道你的问题是怎么解决的？期盼回复~~
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阳光总在风雨后
4楼2011-11-03 13:13:11
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huangqihong

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 王营wy at 2011-11-03 13:13:11:
你好，楼主，我跑的乳杆菌的PFGE，用酶XbaI处理，电泳后跟你的图相似，点样孔很亮，泳道没有条带，不知道你的问题是怎么解决的？期盼回复~~

把plug在酶切之前用酶切缓冲液洗三次，然后再酶切，可能直接酶切体系不合适。但是仍然有很多存在于点样孔。
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5楼2011-11-04 02:54:44
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王营wy

新虫 (初入文坛)
送鲜花一朵
谢谢，我做的时候用酶切缓冲液只洗了一次，下次我多洗两次。您做PFGE时对于条件优化这方面有什么经验，可以分享一下吗?
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阳光总在风雨后
6楼2012-01-04 09:26:54
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带刀猎人

新虫 (小有名气)
请检查菌体是否裂解，就是在CLB里的Proteinase K是否将菌体裂解了
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7楼2012-04-13 14:42:07
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刘仁坤2013

新虫 (小有名气)
最后解决了吗
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8楼2013-12-30 20:20:15
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huangqihong

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 刘仁坤2013 at 2013-12-30 20:20:15
最后解决了吗

算是部分解决吧，样品部分跑进胶里面，但是还有很多在plug里。
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9楼2013-12-31 08:29:28
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201130212017

银虫 (小有名气)
真的是酶切的问题么？
我跑的PFGE也是只有点样孔亮，无条带
点样孔亮的也只是marker未做酶切啊
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每天都高兴，幸福
10楼2014-05-07 13:37:24
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