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yanruoke

银虫 (正式写手)

[求助] 关于数据的格式

看到文献上介绍 “GSE8988” (在 NCBI 里下载的 ) 这个 gene 表达数据文件里，是 1269 个gene 在 18 个time-point 的采样数据，我下载 GSE8988 并用 Bioconductor  归一化处理后，数据格式的形式见下图。第一个问题是 诸如 探针 ID “1367452_at” 这样的编号和基因是怎么对应的？ “1367****_at” 这样的编号有五千多个，基因个数是1269个？ 发现有的基因对应一个编号，有的基因对应数个 探针 ID编号, 这里面的有规律吗？
第二个问题： 第一行的编号 “GSM2273** .cel” 应该是和 采样时间点 对应的吧？ 怎么看出这种对应关系？
我看了有关这个文件的相关说明 （http://www.ncbi.nlm.nih.gov/proj ... acc.cgi?acc=GSE8988   ），没找到和以上两个问题相关的介绍，困惑，请熟悉的虫友指教，先行谢过。


[ Last edited by yanruoke on 2011-4-26 at 19:27 ]
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戒嗔怒以养肝气，省言语以养神气，多读书以养质气，顺时令以养元气，不拘节以养大气，观天变以养灵气，莫强求规于运气。
1楼 2011-04-26 11:49:16
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mumianke

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
yanruoke(金币+15): thanks a lot 2011-04-27 10:44:19
dhd997(金币+5, EPI+1): good 2011-04-27 16:58:57
1.  探针 ID “1367452_at” 这样的编号和基因是怎么对应的？
这个芯片平台是Affymetrix的，你可参照http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GPL341，有对应信息，或者到http://www.affymetrix.com/analysis/index.affx注册个用户，里面有详细的信息。
有的基因对应一个编号，有的基因对应数个探针 ID编号,因为有的基因在转录是有可变剪切，在分析时可不用考虑，先基于探针分析，最后再注释到基因。
2. 相关说明你没有看完整吧。在Samples (54)这个地方有每个样本对应的时间点及说明。每个GSM里都有详细说明。或者在下面的
Download family         Format
SOFT formatted family file(s)         SOFT
MINiML formatted family file(s)         MINiML
Series Matrix File(s)         TXT
你可以下载Series Matrix File(s) 查看其对应关系。
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狗一样地学，绅士一样地玩。
2楼2011-04-27 09:58:18
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yanruoke

银虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by mumianke at 2011-04-27 09:58:18:
1.  探针 ID “1367452_at” 这样的编号和基因是怎么对应的？
这个芯片平台是Affymetrix的，你可参照http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GPL341，有对应信息，或者到[url]http://www ...

mumianke，你好，顺便问下，每个sample 里给出了对应的时间点，由于每个时间点有三个老鼠的基因用来采样，因此对于某一时间点的三个 sample 来说，知道哪个sample 是和哪个 老鼠对应 重要吗？还是认为这三个 sample 只是重复采样，并不重要？
或者这样说： 我找出了18个 sample (从初始时刻到结束时刻，每时间点一个sample), 分析时应该确保这18 个sample 来自同一个老鼠吗？
先行谢过。
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3楼2011-04-27 10:56:06
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mumianke

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
Originally posted by yanruoke at 2011-04-27 10:56:06:
mumianke，你好，顺便问下，每个sample 里给出了对应的时间点，由于每个时间点有三个老鼠的基因用来采样，因此对于某一时间点的三个 sample 来说，知道哪个sample 是和哪个 老鼠对应 重要吗？还是认为这三个 s ...

从统计学角度来看，每个点3个样本，这只是试验设计的重复，样本间的差异可以忽略。一般不会一个时间点一个样本。
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4楼2011-04-27 16:11:26
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yanruoke

银虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by mumianke at 2011-04-27 16:11:26:
从统计学角度来看，每个点3个样本，这只是试验设计的重复，样本间的差异可以忽略。一般不会一个时间点一个样本。

thanks
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5楼2011-04-28 10:56:22
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chengs777

禁虫 (著名写手)

优秀版主
引用回帖:
208465楼: Originally posted by mumianke at 2011-04-27 09:58:18:
1.  探针 ID “1367452_at” 这样的编号和基因是怎么对应的？
这个芯片平台是Affymetrix的，你可参照http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GPL341，有对应信息，或者到http://www.affymetrix.com/an

http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=4538555
感觉您懂很多，我是新手，麻烦您解答一下我这个帖子，万分感谢，必有重谢
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6楼2012-05-21 21:58:55
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