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关于数据的格式
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看到文献上介绍 “GSE8988” (在 NCBI 里下载的 ) 这个 gene 表达数据文件里，是 1269 个gene 在 18 个time-point 的采样数据，我下载 GSE8988 并用 Bioconductor 归一化处理后，数据格式的形式见下图。第一个问题是 诸如 探针 ID “1367452_at” 这样的编号和基因是怎么对应的？ “1367****_at” 这样的编号有五千多个，基因个数是1269个？ 发现有的基因对应一个编号，有的基因对应数个 探针 ID编号, 这里面的有规律吗？ 第二个问题： 第一行的编号 “GSM2273** .cel” 应该是和 采样时间点 对应的吧？ 怎么看出这种对应关系？ 我看了有关这个文件的相关说明 （http://www.ncbi.nlm.nih.gov/proj ... acc.cgi?acc=GSE8988 ），没找到和以上两个问题相关的介绍，困惑，请熟悉的虫友指教，先行谢过。  [ Last edited by yanruoke on 2011-4-26 at 19:27 ] |
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5楼2011-04-28 10:56:22
mumianke
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【答案】应助回帖
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yanruoke(金币+15): thanks a lot 2011-04-27 10:44:19
dhd997(金币+5, EPI+1): good 2011-04-27 16:58:57
yanruoke(金币+15): thanks a lot 2011-04-27 10:44:19
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1. 探针 ID “1367452_at” 这样的编号和基因是怎么对应的？ 这个芯片平台是Affymetrix的，你可参照http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GPL341，有对应信息，或者到http://www.affymetrix.com/analysis/index.affx注册个用户，里面有详细的信息。 有的基因对应一个编号，有的基因对应数个探针 ID编号,因为有的基因在转录是有可变剪切，在分析时可不用考虑，先基于探针分析，最后再注释到基因。 2. 相关说明你没有看完整吧。在Samples (54)这个地方有每个样本对应的时间点及说明。每个GSM里都有详细说明。或者在下面的 Download family Format SOFT formatted family file(s) SOFT MINiML formatted family file(s) MINiML Series Matrix File(s) TXT 你可以下载Series Matrix File(s) 查看其对应关系。 |
2楼2011-04-27 09:58:18
3楼2011-04-27 10:56:06
mumianke
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4楼2011-04-27 16:11:26
