| 查看: 1261 | 回复: 5 | ||
| 本帖产生 1 个 MolEPI ，点击这里进行查看 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
[求助]
关于数据的格式
|
||
|
看到文献上介绍 “GSE8988” (在 NCBI 里下载的 ) 这个 gene 表达数据文件里，是 1269 个gene 在 18 个time-point 的采样数据，我下载 GSE8988 并用 Bioconductor 归一化处理后，数据格式的形式见下图。第一个问题是 诸如 探针 ID “1367452_at” 这样的编号和基因是怎么对应的？ “1367****_at” 这样的编号有五千多个，基因个数是1269个？ 发现有的基因对应一个编号，有的基因对应数个 探针 ID编号, 这里面的有规律吗？ 第二个问题： 第一行的编号 “GSM2273** .cel” 应该是和 采样时间点 对应的吧？ 怎么看出这种对应关系？ 我看了有关这个文件的相关说明 （http://www.ncbi.nlm.nih.gov/proj ... acc.cgi?acc=GSE8988 ），没找到和以上两个问题相关的介绍，困惑，请熟悉的虫友指教，先行谢过。  [ Last edited by yanruoke on 2011-4-26 at 19:27 ] |
回复此楼» 猜你喜欢
留学--博士招生
已经有16人回复
-
化学工程，本211，求调剂，ab区不限
已经有4人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有166人回复
-
湖北师范大学招调剂啦
已经有8人回复
-
邵阳学院食品与化学工程学院硕士调剂
已经有0人回复
-
天津商业大学 生物与医药课题组招生
已经有0人回复
-
生物化工学硕招收调剂
已经有0人回复
-
广东石油化工学院2026年硕士研究生需要多名生物，制药工程，食品专业的调剂生
已经有0人回复
-
317分 一志愿江南大学 化学工程学硕 求调剂
已经有6人回复
-
化工申博
已经有3人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 关于text数据导入origin中的问题
已经有10人回复
- 【求助】求Fullprof简明教程！
已经有20人回复
- 【求助】关于XRD的数据处理问题，急！
已经有7人回复
- 【求助】关于用peakfit处理红外数据的问题
已经有6人回复
- 【讨论】关于jade5.0数据导入，角度范围变小很多！
已经有51人回复
- 关于XRD数据精修
已经有8人回复
chengs777
禁虫 (著名写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 贵宾: 0.037
- 金币: 1243.5
- 散金: 743
- 红花: 12
- 沙发: 17
- 帖子: 1411
- 在线: 208.1小时
- 虫号: 1061307
- 注册: 2010-07-20
- 专业: 生物信息学
6楼2012-05-21 21:58:55
mumianke
铁杆木虫 (正式写手)
- MolEPI: 1
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 11844.8
- 红花: 2
- 帖子: 845
- 在线: 1714.1小时
- 虫号: 279321
- 注册: 2006-09-16
- 专业: 遗传学与生物信息学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★
yanruoke(金币+15): thanks a lot 2011-04-27 10:44:19
dhd997(金币+5, EPI+1): good 2011-04-27 16:58:57
yanruoke(金币+15): thanks a lot 2011-04-27 10:44:19
dhd997(金币+5, EPI+1): good 2011-04-27 16:58:57
|
1. 探针 ID “1367452_at” 这样的编号和基因是怎么对应的？ 这个芯片平台是Affymetrix的，你可参照http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GPL341，有对应信息，或者到http://www.affymetrix.com/analysis/index.affx注册个用户，里面有详细的信息。 有的基因对应一个编号，有的基因对应数个探针 ID编号,因为有的基因在转录是有可变剪切，在分析时可不用考虑，先基于探针分析，最后再注释到基因。 2. 相关说明你没有看完整吧。在Samples (54)这个地方有每个样本对应的时间点及说明。每个GSM里都有详细说明。或者在下面的 Download family Format SOFT formatted family file(s) SOFT MINiML formatted family file(s) MINiML Series Matrix File(s) TXT 你可以下载Series Matrix File(s) 查看其对应关系。 |
2楼2011-04-27 09:58:18
3楼2011-04-27 10:56:06
mumianke
铁杆木虫 (正式写手)
- MolEPI: 1
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 11844.8
- 红花: 2
- 帖子: 845
- 在线: 1714.1小时
- 虫号: 279321
- 注册: 2006-09-16
- 专业: 遗传学与生物信息学
4楼2011-04-27 16:11:26
