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yanruoke

银虫 (正式写手)

[求助] 关于数据的格式

看到文献上介绍 “GSE8988” (在 NCBI 里下载的 ) 这个 gene 表达数据文件里,是 1269 个gene 在 18 个time-point 的采样数据,我下载 GSE8988 并用 Bioconductor  归一化处理后,数据格式的形式见下图。第一个问题是 诸如 探针 ID “1367452_at” 这样的编号和基因是怎么对应的? “1367****_at” 这样的编号有五千多个,基因个数是1269个? 发现有的基因对应一个编号,有的基因对应数个 探针 ID编号, 这里面的有规律吗?
第二个问题: 第一行的编号 “GSM2273** .cel” 应该是和 采样时间点 对应的吧? 怎么看出这种对应关系?
我看了有关这个文件的相关说明 (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/proj ... acc.cgi?acc=GSE8988   ),没找到和以上两个问题相关的介绍,困惑,请熟悉的虫友指教,先行谢过。


[ Last edited by yanruoke on 2011-4-26 at 19:27 ]
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戒嗔怒以养肝气,省言语以养神气,多读书以养质气,顺时令以养元气,不拘节以养大气,观天变以养灵气,莫强求规于运气。
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chengs777

禁虫 (著名写手)

优秀版主

引用回帖:
208465楼: Originally posted by mumianke at 2011-04-27 09:58:18:
1.  探针 ID “1367452_at” 这样的编号和基因是怎么对应的?
这个芯片平台是Affymetrix的,你可参照http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GPL341,有对应信息,或者到http://www.affymetrix.com/an

http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=4538555
感觉您懂很多,我是新手,麻烦您解答一下我这个帖子,万分感谢,必有重谢
6楼2012-05-21 21:58:55
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