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vs570588

木虫 (正式写手)

[求助] 请问OTU,operational taxonomic unit是啥意思 已有2人参与

OTU/clones这个单位在克隆文库里的单位是啥?我做的混合培养细菌,另外,问问DGGE切胶克隆建立文库,大家是把所用条带都切,还是只切亮的条带?还有就是一个培养皿中大家一般送几个菌落去测序?按道理一个培养皿中应该是纯菌了,如果送过去多个测序结果出现不一致,如何解释?
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西瓜

荣誉版主 (知名作家)

【答案】应助回帖

运算的分类单位 operational taxonomic unit 缩写OTU,指在数量分类学方面作为对象的分类单位之总称,有种、变种、个体等。在用群析的时候,根据相似系数值和由任意标准去归纳整理有可能的,因为也有与历来分类单位的等级(rank)不一致的情况,所以使用了这个术语。
OTU,是指系统发生分析中的一个外部节点,是一个假定的分类单元;常见于动植物种类系统发育分析。例如 6 clone/2 OTUs 是指要进行系统分类分析的个体,即每2个待分析的个体包含6个克隆。

这里还有篇英文文献:Defining operational taxonomic units using DNA barcode data
http://www.bolinfonet.org/pdf/De ... barcodedata2005.pdf
2楼2011-04-22 00:09:59
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vs570588

木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by 西瓜 at 2011-04-22 00:09:59:
运算的分类单位 operational taxonomic unit 缩写OTU,指在数量分类学方面作为对象的分类单位之总称,有种、变种、个体等。在用群析的时候,根据相似系数值和由任意标准去归纳整理有可能的,因为也有与历来分类单 ...

版主,你看看我后面的问题?最近测序结果,回来建树,树建立特别离谱。就是树里没有我们需要的菌,都是些不着边际的菌。
3楼2011-04-22 19:31:05
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西瓜

荣誉版主 (知名作家)

引用回帖:
Originally posted by vs570588 at 2011-04-22 19:31:05:
版主,你看看我后面的问题?最近测序结果,回来建树,树建立特别离谱。就是树里没有我们需要的菌,都是些不着边际的菌。

不好意思,我不懂你这块啦……前面那问题是刚好有空就google了下,其实这方面我完全外行的……
权当友情帮顶了~
4楼2011-04-22 19:42:48
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neoandkidd

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

你既然是找目的菌落,就不存在OTU了,可能是测序问题吧,你是回收后扩增再送测序的还是直接产物测序?
新起点
5楼2014-09-19 13:31:20
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peterrjp

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

对于16S rRNA,97%序列相似度的OTU可以当作一个种。肉眼看着像是单菌落,测序出来也有可能是双峰(两个菌落叠在一起)。DGGE条带太暗不容易测出来
6楼2014-10-20 17:29:41
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