24小时热门版块排行榜    

查看: 2225  |  回复: 5

vs570588

木虫 (正式写手)

[求助] 请问OTU,operational taxonomic unit是啥意思 已有2人参与

OTU/clones这个单位在克隆文库里的单位是啥?我做的混合培养细菌,另外,问问DGGE切胶克隆建立文库,大家是把所用条带都切,还是只切亮的条带?还有就是一个培养皿中大家一般送几个菌落去测序?按道理一个培养皿中应该是纯菌了,如果送过去多个测序结果出现不一致,如何解释?
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

西瓜

荣誉版主 (知名作家)

【答案】应助回帖

运算的分类单位 operational taxonomic unit 缩写OTU,指在数量分类学方面作为对象的分类单位之总称,有种、变种、个体等。在用群析的时候,根据相似系数值和由任意标准去归纳整理有可能的,因为也有与历来分类单位的等级(rank)不一致的情况,所以使用了这个术语。
OTU,是指系统发生分析中的一个外部节点,是一个假定的分类单元;常见于动植物种类系统发育分析。例如 6 clone/2 OTUs 是指要进行系统分类分析的个体,即每2个待分析的个体包含6个克隆。

这里还有篇英文文献:Defining operational taxonomic units using DNA barcode data
http://www.bolinfonet.org/pdf/De ... barcodedata2005.pdf
2楼2011-04-22 00:09:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

vs570588

木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by 西瓜 at 2011-04-22 00:09:59:
运算的分类单位 operational taxonomic unit 缩写OTU,指在数量分类学方面作为对象的分类单位之总称,有种、变种、个体等。在用群析的时候,根据相似系数值和由任意标准去归纳整理有可能的,因为也有与历来分类单 ...

版主,你看看我后面的问题?最近测序结果,回来建树,树建立特别离谱。就是树里没有我们需要的菌,都是些不着边际的菌。
3楼2011-04-22 19:31:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

西瓜

荣誉版主 (知名作家)

引用回帖:
Originally posted by vs570588 at 2011-04-22 19:31:05:
版主,你看看我后面的问题?最近测序结果,回来建树,树建立特别离谱。就是树里没有我们需要的菌,都是些不着边际的菌。

不好意思,我不懂你这块啦……前面那问题是刚好有空就google了下,其实这方面我完全外行的……
权当友情帮顶了~
4楼2011-04-22 19:42:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

neoandkidd

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

你既然是找目的菌落,就不存在OTU了,可能是测序问题吧,你是回收后扩增再送测序的还是直接产物测序?
新起点
5楼2014-09-19 13:31:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

peterrjp

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

对于16S rRNA,97%序列相似度的OTU可以当作一个种。肉眼看着像是单菌落,测序出来也有可能是双峰(两个菌落叠在一起)。DGGE条带太暗不容易测出来
6楼2014-10-20 17:29:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 学员BmWXvC 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 0854控制工程 359求调剂 可跨专业 +3 626776879 2026-03-14 8/400 2026-03-16 13:42 by Dream007008
[考研] 311求调剂 +6 冬十三 2026-03-15 6/300 2026-03-16 08:00 by wang_dand
[考研] 311求调剂 +3 26研0 2026-03-15 3/150 2026-03-15 09:12 by JourneyLucky
[考研] 330求调剂 +3 ?酱给调剂跪了 2026-03-13 3/150 2026-03-14 10:13 by JourneyLucky
[考研] 312求调剂 +6 陌宸希 2026-03-10 6/300 2026-03-14 00:40 by JourneyLucky
[考研] 271求调剂 +10 生如夏花… 2026-03-11 10/500 2026-03-14 00:35 by 卖报员小雨
[考研] 一志愿华中农业大学071010,总分三百二,求调剂 +3 困困困困坤坤 2026-03-10 3/150 2026-03-14 00:35 by JourneyLucky
[考研] 材料371求调剂 +9 鳄鱼? 2026-03-11 11/550 2026-03-13 22:53 by JourneyLucky
[考研] 材料专硕288分求调剂 一志愿211 +4 在家想你 2026-03-11 4/200 2026-03-13 22:49 by JourneyLucky
[考研] 材料与化工304求B区调剂 +5 邱gl 2026-03-11 6/300 2026-03-13 22:37 by JourneyLucky
[考研] 304求调剂 +6 Mochaaaa 2026-03-12 7/350 2026-03-13 22:18 by 星空星月
[考研] 0703化学一志愿211 总分320求调剂 +5 玛卡巴卡啊哈 2026-03-11 5/250 2026-03-13 21:40 by JourneyLucky
[考研] 281求调剂 +9 Koxui 2026-03-12 11/550 2026-03-13 20:50 by Koxui
[硕博家园] 085600 260分求调剂 +3 天空还下雨么 2026-03-13 5/250 2026-03-13 18:46 by 天空还下雨么
[考研] 085600材料与化工 309分请求调剂 +7 dtdxzxx 2026-03-12 8/400 2026-03-13 14:43 by jxchenghu
[考研] 308求调剂 +3 是Lupa啊 2026-03-12 3/150 2026-03-13 14:30 by 求调剂zz
[考博] 福州大学杨黄浩课题组招收2026年专业学位博士研究生,2026.03.20截止 +3 Xiangyu_ou 2026-03-12 3/150 2026-03-13 09:36 by duanwu655
[考研] 一志愿江南大学085701环境工程专硕总分287求调剂 +5 18266118446 2026-03-09 5/250 2026-03-11 16:51 by 2020015
[考研] 0857环境调剂 +5 熠熠_11 2026-03-10 5/250 2026-03-11 10:59 by wang_dand
[考研] 哈工大材料324求调剂 +6 闫旭东 2026-03-10 8/400 2026-03-10 22:49 by 星空星月
信息提示
请填处理意见