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mdp参数设置
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; User spoel (236) ; Wed Nov 3 17:12:44 1993 ; Input file ; title = Yo cpp = /lib/cpp define = -DFLEX_SPC constraints = all-bonds integrator = md dt = 0.002 ; ps ! nsteps = 10000 ; total 20 ps. nstcomm = 1 nstxout = 500 nstvout = 1000 nstfout = 0 nstlog = 500 nstenergy = 500 nstlist = 5 ns_type = grid coulombtype = PME rlist = 1.0 rcoulomb = 1.0 rvdw = 1.4 fourierspacing = 0.12 pme_order = 4 optimize_fft = yes ; Berendsen temperature coupling is on in two groups Tcoupl = berendsen tc-grps = Protein_UNK POP SOL_CL tau_t = 0.1 0.1 0.1 ref_t = 0 0 50 ; Energy monitoring energygrps = POPC SOL ; Pressure coupling is not on Pcoupl = berendsen pcoupltype = anisotropic tau_p = 1 compressibility = 4.5e-5 4.5e-5 4.5e-5 0 0 0 ref_p = 1 1 1 1 1 1 ; Generate velocites is on at 323 K. gen_vel = no gen_temp = 300.0 gen_seed = 173529 请问一下在对体系升温的时候要写Pcoupl 吗，升温是不是就是手册上的NVT过程啊，谢谢！ |
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