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Jfreda

铁虫 (小有名气)

[求助] mdp参数设置

;       User spoel (236)
;       Wed Nov  3 17:12:44 1993
;       Input file
;
title               =  Yo
cpp                 =  /lib/cpp
define              =    -DFLEX_SPC
constraints         =  all-bonds
integrator          =  md
dt                  =  0.002    ; ps !
nsteps              =  10000  ; total 20 ps.
nstcomm             =  1
nstxout             =  500
nstvout             =  1000
nstfout             =  0
nstlog              =  500
nstenergy           =  500
nstlist             =  5
ns_type             =  grid
coulombtype         =  PME
rlist               =  1.0
rcoulomb            =  1.0
rvdw                =  1.4
fourierspacing      =  0.12
pme_order           =  4
optimize_fft        =  yes
; Berendsen temperature coupling is on in two groups
Tcoupl              =   berendsen
tc-grps             =   Protein_UNK  POP  SOL_CL
tau_t               =       0.1      0.1    0.1
ref_t               =        0        0      50
; Energy monitoring
energygrps          = POPC  SOL
; Pressure coupling is not on
Pcoupl              =  berendsen
pcoupltype          =  anisotropic
tau_p               =  1
compressibility     =  4.5e-5 4.5e-5 4.5e-5 0 0 0
ref_p               =  1 1 1 1 1 1
; Generate velocites is on at 323 K.
gen_vel             =  no
gen_temp            =  300.0
gen_seed            =  173529

请问一下在对体系升温的时候要写Pcoupl 吗，升温是不是就是手册上的NVT过程啊，谢谢！
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1楼 2011-04-20 21:43:56
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Jfreda

铁虫 (小有名气)
为什么还是没人回答？
赞一下 回复此楼
2楼2011-04-21 14:12:55
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whl2dxl

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-04-23 08:17:12
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-04-23 08:17:23
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-04-23 08:17:28
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-04-23 19:25:33
御剑江湖(金币-3): 重复加分了，不好意思。。。 2011-04-23 21:33:10
pcouple是对压强的控制项，跟升温好像没有很大的关系，所说的NVT系综是指控制压强不变，即关闭pcouple这个开关，只对温度进行控制，
赞一下(5人) 回复此楼
3楼2011-04-23 00:47:46
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whl2dxl

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-04-23 19:26:10
Jfreda(金币+5): 谢谢！ 2011-04-24 20:10:14
NVT系宗的初始温度控制可以通过调节gen_temp。
不知道怎么点了个应助，刚来论坛不是很懂
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2011-04-23 00:51:02
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