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88thunder

新虫 (正式写手)

天才流浪

[交流] 如何给配位在Cd上的水加氢 已有1人参与

我用ENVI命令加氢找不到合理的Q峰,只能过理论加氢的方法来给H2O中的氧加氢了。但是我不知道如何处理?用别人说的HADD 9 03试了下,结果没有加上,请高手指导!
5555

[ Last edited by 88thunder on 2011-4-20 at 12:40 ]
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ylhttzj

至尊木虫 (知名作家)


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afix (将指定的原子坐标强制性的固定在指定的位置上,或者在指定的位置上产生原子)
    afix 3 表示固定H原子的坐标
    afix 13 表示固定垂直于某个平面的H原子的坐标
    afix 23 表示固定亚甲基上的H原子的坐标
    afix 137 表示固定甲基上的H原子的坐标(好像是afix 33)
    afix 43 表示固定类似于苯环上的H原子的坐标
  dfix (限定两个指定原子间的距离)
  hfix (限制氢原子在固定的位置上,如hfix 43 N6)
试一下吧!
2楼2011-04-20 13:08:06
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88thunder

新虫 (正式写手)

天才流浪

引用回帖:
Originally posted by ylhttzj at 2011-04-20 13:08:06:
afix (将指定的原子坐标强制性的固定在指定的位置上,或者在指定的位置上产生原子)
    afix 3 表示固定H原子的坐标
    afix 13 表示固定垂直于某个平面的H原子的坐标
    afix 23 表示固定亚甲基上的H原 ...

新手,不懂,有没有类似的教程哦,我指给类似于H2O分子等加氢的教程,谢谢
天才在流浪,流浪是天涯。
3楼2011-04-20 14:44:24
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ylhttzj

至尊木虫 (知名作家)


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借鉴一下游离水的理论加氢。
晶体解析过程中有关游离水的理论加氢
最好通过Q值来定
Wingx程序包里面有CALC OH可以计算H2O和OH的理论位置 也是根据合适的氢键计算出来的 可以调键长等 如果真的合适就很好计算 而且出来的也很漂亮
可以先计算出来理论位置 然后再对这些氢的位置 进行refine
计算产生hatoms.out 文件
该文件里面包含H原子的信息
只要把这些相应的原则拷贝到res文件中对应的位置去
如果你想要把它们一直固定 然后不要refine了 可以这样
O1 4 0.XXXXX  0.XXXXX  0.XXXXX 11.00  0.05xxxx
afix 3
H1a   2    0.XXXXX  0.XXXXX  0.XXXXX 11.00  -1.5000
H1b   2    0.XXXXX  0.XXXXX  0.XXXXX 11.00  -1.5000
afix 0
##O1原子是先存在的 后面的H1a H1b是计算产生的
将最后的H热参数该为-1.5000
加入afix 3
afix 0 将H固定到O上
4楼2011-04-20 18:27:48
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