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111602

木虫 (著名写手)

[交流] 线性化及完整的质粒电泳问题。 已有8人参与

最近在做实验过程中,遇到要将质粒先线性化,发现用酶切后电泳,与未酶切的质粒相比,跑的速度要快,不知是何原因,这些质粒都非空载,有些不理解,一般线性后跑的速度应该比超螺旋快才对啊。请高手指教!

首先感谢各位的讨论和建议。但必须说明一点,这个质粒是重组的,而且选择的酶只有一个酶切位点,电泳用的是1% AGAROSE GEL. 120V  30MIN.并且可以肯定已经被线性化的了。因为后继实验如果没有被线性化是无法成功的。


大家的回答都是建立在理论分析基础上的。我也赞同这一理论,但不知道有没有真正做过这一实验的朋友,可能我的实验(电泳)出了问题,但希望有实践经验的朋友给点意见。

[ Last edited by 111602 on 2011-4-21 at 01:42 ]
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西瓜(金币+5, EPI+1): 太牛了!实践是检验真理的唯一标准哦!话说区长MM睡这么晚会长痘痘滴…… 2011-04-21 23:38:07
这个可不一定,也不要在什么情况下都说超螺旋跑的快,首先要搞清楚它为什么会跑的快,他有他的决定因素。并不是在任何情况下都是这样的。我们不是在比拼理论知识,而是为了解决我们试验中确实存在问题,我做过类似的
线性跑的比超螺旋要快
建议楼主换个0.7-0.8%胶跑一下看看(浓度一定要准哦),电压不用太高,看看结果如何,然后我们再来讨论
曾经看过一个解释:胶浓度小,则孔径大,超螺旋的跑的阻力小,就快些。而胶浓度大,则孔径小,超螺旋的跑的阻力大,就慢些。而线性片段的快慢与分子量有关,不受浓度的影响。 超螺旋的速度是可以变化的,与胶浓度有关,与分子量无关。
超螺旋的速度还和凝胶中的EB有关系(如果你没加的,那就算了)

我的一个实验图片,哪个是酶切的,哪个是质粒对照楼主应该能看出来
胶的浓度大于1%


[ Last edited by xiaoweiwei121 on 2011-4-21 at 03:27 ]
18楼2011-04-21 03:04:06
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引用回帖:
Originally posted by 111602 at 2011-04-21 08:29:57:
非常感谢你的意见和建议,非常宝贵的经验啊。可以看出有明确的一条带的那个样品是线性化的,而完整的质粒会出现几条带。我会试试你的建议跑电泳。再次感谢,也欢迎其他朋友来交流心得!

等待你的结果
20楼2011-04-21 21:49:40
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xiaoweiwei121

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dhd997(金币+2): 奖励热心大区 2011-04-22 09:15:53
引用回帖:
Originally posted by 111602 at 2011-04-22 05:46:08:
哦,最近可能不会做了,但以前做的结果与你的图片相似。如果有做的化我回来更新交流。

这些并不重要的
重要是搞清了什么原因就足够了
很多人都碰到过这样的问题
22楼2011-04-22 05:53:49
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