应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs做全原子模拟时候，突然到MD这一步出错
51/1返回列表
查看: 1990  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

zyj8119

木虫 (著名写手)

[求助] gromacs做全原子模拟时候，突然到MD这一步出错

MD的控制文件是这样的：
title                    = MD simulation
;Preprocessor
cpp                         = /lib/cpp
;Directories to include in the topology format
include                  = -I../top
;Run control: A leap-frog algorithm for integrating Newton's equations.
integrator                 = md
;Total simulation time: 1000 ps
:time step in femtoseconds
dt                         = 0.002
;number of steps
nsteps                   = 10000000
;frequency to write coordinates to output trajectory file
nstxout                  = 5000
;frequency to write velocities to output trajectory file
nstvout                  = 5000
;frequency to write energies to log file
nstlog                   = 1000
;frequency to write energies to energy file
nstenergy                 = 1000
;frequency to write coordinates to xtc trajectory
nstxtcout                 = 1000
;group(s) to write to xtc trajectory
xtc_grps                 = OCT
;group(s) to write to energy file
energygrps                 = OCT
;Frequency to update the neighbor list (and the long-range forces,
;when using twin-range cut-off's).
nstlist                  = 5
;Make a grid in the box and only check atoms in neighboring grid cells
;when constructing a new neighbor list every nstlist steps.
ns_type                  = grid
;cut-off distance for the short-range neighbor list
rlist                         = 1.0
;treatment of electrostatic interactions
coulombtype                 = PME
rcoulomb                 = 1.0
fourierspacing       =0.12
pme_order            =4
ewald_rtol           =1e-5
optimize_fft         =yes
;treatment of van der waals interactions
rvdw                         = 1.4
; Periodic boudary conditions in all the directions
pbc                      = xyz
;Temperature coupling
tcoupl                   = berendsen
tc-grps                  = OCT
tau_t                         = 0.1
ref_t                         = 290
;Pressure coupling
;Pcoupl                   = berendsen
;Pcoupltype               = isotropic
;tau_p                         = 1.0
;compressibility          = 4.5e-5
;ref_p                         = 1.0
;Velocity generation
gen_vel                  = yes
gen_temp                 = 290
gen_seed                 = 173529
; Type of constraint algorithm
constraint-algorithm     = Lincs
lincs-iter               = 4
;Constrain bonds
constraints                 = none

出现的错误是：
creating statusfile for 1 node...
' for variable integrator, using 'md'
Next time use one of: 'md' 'steep' 'cg' 'bd' 'sd' 'nm' 'l-bfgs' 'tpi'
' for variable ns-type, using 'Grid'
Next time use one of: 'Grid' 'Simple'
' for variable pbc, using 'xyz'
Next time use one of: 'xyz' 'no' 'full'
' for variable coulombtype, using 'Cut-off'
Next time use one of: 'Cut-off' 'Reaction-Field' 'Generalized-Reaction-Field' 'PME' 'Ewald' 'PPPM' 'Poisson' 'Switch' 'Shift' 'User' 'Generalized-Born' 'Reaction-Field-nec' 'Encad-shift' 'PME-User'
' for variable optimize_fft, using 'no'
Next time use one of: 'no' 'yes'
' for variable tcoupl, using 'No'
Next time use one of: 'No' 'Berendsen' 'Nose-Hoover' 'yes' 'Andersen' 'Andersen-interval'
' for variable gen-vel, using 'no'
Next time use one of: 'no' 'yes'
' for variable constraints, using 'none'
Next time use one of: 'none' 'h-bonds' 'all-bonds' 'h-angles' 'all-angles'
' for variable constraint-algorithm, using 'Lincs'
Next time use one of: 'Lincs' 'Shake'

Fatal error:
number of coordinates in coordinate file (box.pdb, 3900)
             does not match topology (octanebox.top, 0)
top文件在能量最小化的那一步没有任何问题，但是在MD这一步就不行了。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
好好学习，天天向上。
1楼 2011-04-18 20:07:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

number of coordinates in coordinate file (box.pdb, 3900)
             does not match topology


你的坐标文件和拓扑文件中的原子个数不匹配
赞一下 回复此楼
5楼2012-12-06 22:47:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答

yazhiyang

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

把你的文件发给我看，随便把金币给我。
赞一下 回复此楼
2楼2011-04-19 07:14:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by yazhiyang at 2011-04-19 07:14:17:
把你的文件发给我看，随便把金币给我。

;
;        File 'octanebox.top' was generated
;        By user: public (501)
;        On host: cluster.hpc.org
;        At date: Thu Apr 14 17:21:22 2011
;
;        This is your topology file
;         PRODRG COORDS
;
; Include forcefield parameters
#include "ffoplsaa.itp"
;include needed parameters
#include "octane.itp"
; Include surfacetant topology
#include "sds.itp"
;include water parameters
#include "spce.itp"
#ifdef POSRES_WATER
; Position restraint for each water oxygen
[ position_restraints ]
;  i funct       fcx        fcy        fcz
   1    1       1000       1000       1000
#endif

; Include generic topology for ions
#include "ions.itp"

[ system ]
; Name
octane box

[ molecules ]
; Compound        #mols

OCT             150
赞一下 回复此楼
好好学习，天天向上。
3楼2011-04-19 13:56:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by yazhiyang at 2011-04-19 07:14:17:
把你的文件发给我看，随便把金币给我。

;      
;   .itp file for octane in OPLS force field   
;   Generated by HYF
;      
;      

[ moleculetype ]
; Name     nrexcl
  OCT       3

[ atoms ]
;   nr      type      resnr resid  atom  cgnr   charge     mass
     1     opls_135     1   OCT     C     1    -0.18     12.011
     2     opls_140     1   OCT     H     1     0.06     1.008
     3     opls_140     1   OCT     H     1     0.06     1.008
     4     opls_140     1   OCT     H     1     0.06     1.008
     5     opls_136     1   OCT     C     2    -0.12     12.011
     6     opls_140     1   OCT     H     2     0.06     1.008
     7     opls_140     1   OCT     H     2     0.06     1.008
     8     opls_136     1   OCT     C     3    -0.12     12.011
     9     opls_140     1   OCT     H     3     0.06     1.008
     10    opls_140     1   OCT     H     3     0.06     1.008
     11    opls_136     1   OCT     C     4    -0.12     12.011
     12    opls_140     1   OCT     H     4     0.06     1.008
     13    opls_140     1   OCT     H     4     0.06     1.008
     14    opls_136     1   OCT     C     5    -0.12     12.011
     15    opls_140     1   OCT     H     5     0.06     1.008
     16    opls_140     1   OCT     H     5     0.06     1.008
     17    opls_136     1   OCT     C     6    -0.12     12.011
     18    opls_140     1   OCT     H     6     0.06     1.008
     19    opls_140     1   OCT     H     6     0.06     1.008
     20    opls_136     1   OCT     C     7    -0.12     12.011
     21    opls_140     1   OCT     H     7     0.06     1.008
     22    opls_140     1   OCT     H     7     0.06     1.008
     23    opls_135     1   OCT     C     8    -0.18     12.011
     24    opls_140     1   OCT     H     8     0.06     1.008
     25    opls_140     1   OCT     H     8     0.06     1.008
     26    opls_140     1   OCT     H     8     0.06     1.008

[ bonds ]
;    ai    aj    fu    c0, c1, ...
     1     2     1
     1     3     1
     1     4     1
     1     5     1
     5     6     1
     5     7     1
     5     8     1
     8     9     1
     8    10     1
     8    11     1
    11    12     1
    11    13     1
    11    14     1
    14    15     1
    14    16     1
    14    17     1
    17    18     1
    17    19     1
    17    20     1
    20    21     1
    20    22     1
    20    23     1
    23    24     1
    23    25     1
    23    26     1

[ pairs ]
;    ai    aj    fu    c0, c1, ...
     2     6     1                                                        
     2     7     1                                                        
     2     8     1                                                        
     3     6     1                                                        
     3     7     1                                                        
     3     8     1                                                        
     4     6     1                                                        
     4     7     1                                                        
     4     8     1                                                        
     1     9     1                                                        
     1    10     1                                                        
     1    11     1                                                        
     6     9     1                                                        
     6    10     1                                                        
     6    11     1                                                        
     7     9     1                                                        
     7    10     1                                                        
     7    11     1                                                        
     5    12     1                                                        
     5    13     1                                                        
     5    14     1                                                        
     9    12     1                                                        
     9    13     1                                                        
     9    14     1                                                        
    10    12     1                                                        
    10    13     1                                                        
    10    14     1                                                        
     8    15     1                                                        
     8    16     1                                                        
     8    17     1                                                        
    12    15     1                                                        
    12    16     1                                                        
    12    17     1                                                        
    13    15     1                                                        
    13    16     1                                                        
    13    17     1                                                        
    11    18     1                                                        
    11    19     1                                                        
    11    20     1                                                        
    15    18     1                                                        
    15    19     1                                                        
    15    20     1                                                        
    16    18     1                                                        
    16    19     1                                                        
    16    20     1                                                        
    14    21     1                                                        
    14    22     1                                                        
    14    23     1                                                        
    18    21     1                                                        
    18    22     1                                                        
    18    23     1                                                        
    19    21     1                                                        
    19    22     1                                                        
    19    23     1                                                        
    17    24     1                                                        
    17    25     1                                                        
    17    26     1                                                        
    21    24     1                                                        
    21    25     1                                                        
    21    26     1                                                        
    22    24     1                                                        
    22    25     1                                                        
    22    26     1                                                        


[ angles ]
;   ai    aj    ak    fu    c0, c1, ...
     2     1     3     1
     2     1     4     1
     2     1     5     1
     3     1     4     1
     3     1     5     1
     4     1     5     1
     1     5     6     1
     1     5     7     1
     1     5     8     1
     6     5     7     1
     6     5     8     1
     7     5     8     1
     5     8     9     1
     5     8    10     1
     5     8    11     1
     9     8    10     1
     9     8    11     1
    10     8    11     1
     8    11    12     1
     8    11    13     1
     8    11    14     1
    12    11    13     1
    12    11    14     1
    13    11    14     1
    11    14    15     1
    11    14    16     1
    11    14    17     1
    15    14    16     1
    15    14    17     1
    16    14    17     1
    14    17    18     1
    14    17    19     1
    14    17    20     1
    18    17    19     1
    18    17    20     1
    19    17    20     1
    17    20    21     1
    17    20    22     1
    17    20    23     1
    21    20    22     1
    21    20    23     1
    22    20    23     1
    20    23    24     1
    20    23    25     1
    20    23    26     1
    24    23    25     1
    24    23    26     1
    25    23    26     1


[ dihedrals ]
;   ai    aj    ak    al    fu    c0, c1, m, ...
     2     1     5     6     3
     2     1     5     7     3
     2     1     5     8     3
     3     1     5     6     3
     3     1     5     7     3
     3     1     5     8     3
     4     1     5     6     3
     4     1     5     7     3
     4     1     5     8     3
     1     5     8     9     3
     1     5     8    10     3
     1     5     8    11     3
     6     5     8     9     3
     6     5     8    10     3
     6     5     8    11     3
     7     5     8     9     3
     7     5     8    10     3
     7     5     8    11     3
     5     8    11    12     3
     5     8    11    13     3
     5     8    11    14     3
     9     8    11    12     3
     9     8    11    13     3
     9     8    11    14     3
    10     8    11    12     3
    10     8    11    13     3
    10     8    11    14     3
     8    11    14    15     3
     8    11    14    16     3
     8    11    14    17     3
    12    11    14    15     3
    12    11    14    16     3
    12    11    14    17     3
    13    11    14    15     3
    13    11    14    16     3
    13    11    14    17     3
    11    14    17    18     3
    11    14    17    19     3
    11    14    17    20     3
    15    14    17    18     3
    15    14    17    19     3
    15    14    17    20     3
    16    14    17    18     3
    16    14    17    19     3
    16    14    17    20     3
    14    17    20    21     3
    14    17    20    22     3
    14    17    20    23     3
    18    17    20    21     3
    18    17    20    22     3
    18    17    20    23     3
    19    17    20    21     3
    19    17    20    22     3
    19    17    20    23     3
    17    20    23    24     3
    17    20    23    25     3
    17    20    23    26     3
    21    20    23    24     3
    21    20    23    25     3
    21    20    23    26     3
    22    20    23    24     3
    22    20    23    25     3
    22    20    23    26     3
赞一下 回复此楼
好好学习，天天向上。
4楼2011-04-19 13:56:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭