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Jfreda

铁虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 21.8
帖子: 91
在线: 31.5小时
虫号: 870275

[交流] 【讨论】grompp产生的问题

用grompp -f em.mdp -c kor.gro -p kor.top -o kor.tpr产生了如下提示信息：
Analysing Protein...
Analysing residues not classified as Protein/DNA/RNA/Water and splitting into groups...
Number of degrees of freedom in T-Coupling group rest is 523524.00
Largest charge group radii for Van der Waals: 0.735, 0.701 nm
Largest charge group radii for Coulomb:    0.735, 0.701 nm

WARNING 1 [file em.mdp]:
  The sum of the two largest charge group radii (1.435946) is larger than
  rlist (1.000000)
问一下我是不是把rlist值变大就可以了，还是需要其他的修改啊？

[ Last edited by Jfreda on 2011-4-13 at 13:57 ]

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1楼 2011-04-12 20:59:38

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whl2dxl

木虫 (小有名气)

应助: 2 (幼儿园)
金币: 2115.6
帖子: 151
在线: 115小时
虫号: 1267846

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-04-22 08:52:35
Jfreda(金币+5): 2011-04-22 12:57:10

通常这个与你mdp文件的设置有关，比如运用什么方法进行求算（例如温度或压力用什么方法进行控制）如果这些都适合你的体系，在你RLIST小于盒子边长一半的情况下，你可以通过增加rlist以符合动力学模拟的要求，通常条件下Rlist要小于Rvdw

[ Last edited by whl2dxl on 2011-4-22 at 17:30 ]