应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【讨论】grompp产生的问题
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
61/1返回列表
查看: 1324  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

Jfreda

铁虫 (小有名气)

[交流] 【讨论】grompp产生的问题

用grompp -f em.mdp -c kor.gro -p kor.top -o kor.tpr产生了如下提示信息：
Analysing Protein...
Analysing residues not classified as Protein/DNA/RNA/Water and splitting into groups...
Number of degrees of freedom in T-Coupling group rest is 523524.00
Largest charge group radii for Van der Waals: 0.735, 0.701 nm
Largest charge group radii for Coulomb:       0.735, 0.701 nm

WARNING 1 [file em.mdp]:
  The sum of the two largest charge group radii (1.435946) is larger than
  rlist (1.000000)
问一下我是不是把rlist值变大就可以了，还是需要其他的修改啊？

[ Last edited by Jfreda on 2011-4-13 at 13:57 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2011-04-12 20:59:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Jfreda

铁虫 (小有名气)
怎么没人回复呢，自己顶顶！
赞一下 回复此楼
2楼2011-04-13 14:41:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Jfreda

铁虫 (小有名气)
郁闷啦，自己顶！
回复此楼
3楼2011-04-14 15:02:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

whl2dxl

木虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-04-22 08:52:35
Jfreda(金币+5): 2011-04-22 12:57:10
通常这个与你mdp文件的设置有关，比如运用什么方法进行求算（例如温度或压力用什么方法进行控制）如果这些都适合你的体系，在你RLIST小于盒子边长一半的情况下，你可以通过增加rlist以符合动力学模拟的要求，通常条件下Rlist要小于Rvdw

[ Last edited by whl2dxl on 2011-4-22 at 17:30 ]
赞一下(2人) 回复此楼
4楼2011-04-22 00:20:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jackwangee

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by Jfreda at 2011-04-14 15:02:32
郁闷啦，自己顶！

我也遇见一样的问题，，请问楼主解决了吗？
赞一下 回复此楼
5楼2013-10-31 14:08:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

月灯三昧

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
楼主，我也遇到这个问题了，请问你怎么解决的？
赞一下 回复此楼
6楼2016-11-14 20:54:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 Jfreda 的主题更新
61/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料专硕调剂 +8 哈哈哈吼吼吼哈 2026-04-07 9/450 2026-04-07 22:21 by JourneyLucky
[考研] 一志愿211，化学学硕，310分，本科重点双非，求调剂 +18 努力奋斗112 2026-04-07 19/950 2026-04-07 22:11 by dick_runner
[考研] 085602调剂 初试总分335 +3 19123253302 2026-04-06 3/150 2026-04-07 18:00 by jp9609
[考研] 292求调剂 +4 lilllllxccc 2026-04-05 5/250 2026-04-07 09:29 by 纺大杨老师
[考研] 334分控制工程求调剂 +4 姜尚真sadasd 2026-04-03 4/200 2026-04-07 09:26 by 蓝云思雨
[考研] 307求调剂 +3 所念及所望 2026-04-06 3/150 2026-04-06 17:30 by 土木硕士招生
[考研] 269电子信息求调剂，可转专业 +5 独酌wl 2026-04-06 5/250 2026-04-06 17:23 by 土木硕士招生
[考研] 材料334求调剂 +19 Eecho# 2026-04-03 19/950 2026-04-06 08:37 by 小小树2024
[考研] 277求调剂 +5 考研调剂lxh 2026-04-05 5/250 2026-04-05 19:03 by chy09050039
[考研] 085600调剂 +9 东照照照 2026-04-04 9/450 2026-04-05 13:44 by ujn_zhuj
[考研] 一志愿电子科技大学085600材料与化工 329分求调剂 +10 Naiko 2026-04-04 10/500 2026-04-05 09:40 by sam3303
[考研] 313求调剂 +3 海日海日 2026-04-04 3/150 2026-04-05 07:48 by 544594351
[考研] 考研调剂 +5 四川王涛 2026-04-04 5/250 2026-04-04 22:18 by 啵啵啵0119
[考研] 材料调剂 +11 吴棂颖！ 2026-04-03 11/550 2026-04-04 09:56 by 小小树2024
[考研] 282求调剂 +20 ycy1201 2026-04-01 22/1100 2026-04-04 00:42 by userper
[考研] 265求调剂 +20 梁梁校校 2026-04-01 21/1050 2026-04-04 00:38 by userper
[考研] 一志愿华中农业071010，总分320求调剂 +7 困困困困坤坤 2026-04-02 7/350 2026-04-03 17:26 by Yuena_Wang
[考研] 工科341分调剂 +3 洛多罗 2026-04-03 3/150 2026-04-03 14:20 by 1753564080
[考研] 农学考研求调剂 +3 dkdkxm 2026-04-01 3/150 2026-04-02 16:04 by wangjagri
[考研] 材料专业调剂 +5 啦啦啦哭 2026-03-31 6/300 2026-04-01 16:48 by JourneyLucky
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭