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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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Jfreda

铁虫 (小有名气)


[交流] 【讨论】grompp产生的问题

用grompp -f em.mdp -c kor.gro -p kor.top -o kor.tpr产生了如下提示信息:
Analysing Protein...
Analysing residues not classified as Protein/DNA/RNA/Water and splitting into groups...
Number of degrees of freedom in T-Coupling group rest is 523524.00
Largest charge group radii for Van der Waals: 0.735, 0.701 nm
Largest charge group radii for Coulomb:       0.735, 0.701 nm

WARNING 1 [file em.mdp]:
  The sum of the two largest charge group radii (1.435946) is larger than
  rlist (1.000000)
问一下我是不是把rlist值变大就可以了,还是需要其他的修改啊?

[ Last edited by Jfreda on 2011-4-13 at 13:57 ]
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Jfreda

铁虫 (小有名气)


怎么没人回复呢,自己顶顶!
2楼2011-04-13 14:41:20
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Jfreda

铁虫 (小有名气)


郁闷啦,自己顶!
3楼2011-04-14 15:02:32
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whl2dxl

木虫 (小有名气)


★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-04-22 08:52:35
Jfreda(金币+5): 2011-04-22 12:57:10
通常这个与你mdp文件的设置有关,比如运用什么方法进行求算(例如温度或压力用什么方法进行控制)如果这些都适合你的体系,在你RLIST小于盒子边长一半的情况下,你可以通过增加rlist以符合动力学模拟的要求,通常条件下Rlist要小于Rvdw

[ Last edited by whl2dxl on 2011-4-22 at 17:30 ]
4楼2011-04-22 00:20:12
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jackwangee

金虫 (小有名气)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by Jfreda at 2011-04-14 15:02:32
郁闷啦,自己顶!

我也遇见一样的问题,,请问楼主解决了吗?
5楼2013-10-31 14:08:50
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月灯三昧

金虫 (小有名气)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
楼主,我也遇到这个问题了,请问你怎么解决的?
6楼2016-11-14 20:54:04
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