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【讨论】grompp产生的问题
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用grompp -f em.mdp -c kor.gro -p kor.top -o kor.tpr产生了如下提示信息： Analysing Protein... Analysing residues not classified as Protein/DNA/RNA/Water and splitting into groups... Number of degrees of freedom in T-Coupling group rest is 523524.00 Largest charge group radii for Van der Waals: 0.735, 0.701 nm Largest charge group radii for Coulomb: 0.735, 0.701 nm WARNING 1 [file em.mdp]: The sum of the two largest charge group radii (1.435946) is larger than rlist (1.000000) 问一下我是不是把rlist值变大就可以了，还是需要其他的修改啊？ [ Last edited by Jfreda on 2011-4-13 at 13:57 ] |
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