应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】grompp出错
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
51/1返回列表
查看: 1200  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

Jfreda

铁虫 (小有名气)

[交流] 【求助】grompp出错

grompp -f em.mdp -c tempwater.gro -p GLP-1R-Boc5_apo.top -o kor-em.tpr

Ignoring obsolete mdp entry 'cpp'
Back Off! I just backed up mdout.mdp to ./#mdout.mdp.1#
-------------------------------------------------------
Program grompp, VERSION 4.5.1
Source code file: toppush.c, line: 629
Fatal error:
Unknown atomtype HW
For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors
-------------------------------------------------------
"It Wouldn't Hurt to Wipe Once In a While" (Beavis and Butthead)
其中HW是水分子中的氢。

这是我的top文件
; Include Position restraint file
#ifdef POSRES
#include "posre.itp"
#endif
; Include POPC chain topology
#include "popc.itp"
; Include ligand topology
#include "Boc5.itp"
; Include water topology
#include "./gromos53a6_lipid.ff/spc.itp"
#ifdef POSRES_WATER
; Position restraint for each water oxygen
[ position_restraints ]
;  i funct       fcx        fcy        fcz
   1    1       1000       1000       1000
#endif
; Include topology for ions
#include "./gromos53a6_lipid.ff/ions.itp"
[ system ]
; Name
Title card required
[ molecules ]
; Compound        #mols
Protein_chain_A     1
UNK                 1
SOL             75128
POP               383

spc.itp文件
[ moleculetype ]
; molname       nrexcl
SOL             2
[ atoms ]
;   nr   type  resnr residue  atom   cgnr     charge       mass
#ifndef HEAVY_H
     1     OW      1    SOL     OW      1      -0.82   15.99940
     2      H      1    SOL    HW1      1       0.41    1.00800
     3      H      1    SOL    HW2      1       0.41    1.00800
#else
     1     OW      1    SOL     OW      1      -0.82    9.95140
     2      H      1    SOL    HW1      1       0.41    4.03200
     3      H      1    SOL    HW2      1       0.41    4.03200

gro文件
  328SOL    HW152696   6.933   8.639   6.114
  328SOL    HW252697   6.801   8.579   6.188
  329SOL     OW52698   7.655   9.446   6.221
  329SOL    HW152699   7.636   9.363   6.273
  329SOL    HW252700   7.572   9.475   6.173
  330SOL     OW52701   8.839   9.744   6.410
  330SOL    HW152702   8.779   9.773   6.335
  330SOL    HW252703   8.790   9.677   6.467
  331SOL     OW52704   8.925  11.871   6.960
  331SOL    HW152705   8.936  11.845   7.056
  331SOL    HW252706   8.827  11.871   6.937
  332SOL     OW52707  12.195   8.268   6.612
  332SOL    HW152708  12.122   8.215   6.569
  332SOL    HW252709  12.260   8.298   6.541
  333SOL     OW52710  12.310   6.909  11.525
  333SOL    HW152711  12.295   6.981  11.458
  333SOL    HW252712  12.369   6.838  11.486
  334SOL     OW52713  10.377  10.855  12.640
  334SOL    HW152714  10.365  10.953  12.652
  334SOL    HW252715  10.412  10.837  12.548
  335SOL     OW52716   9.895  11.732   6.991
  335SOL    HW152717   9.896  11.735   7.091
  335SOL    HW252718   9.802  11.745   6.959
  336SOL     OW52719   0.569   1.275   1.165
  336SOL    HW152720   0.476   1.268   1.128
  336SOL    HW252721   0.580   1.364   1.209
  337SOL     OW52722   1.555   1.511   0.703
  337SOL    HW152723   1.498   1.495   0.784
  337SOL    HW252724   1.496   1.521   0.623
  338SOL     OW52725   1.743   0.618   0.856
  338SOL    HW152726   1.776   0.712   0.856
  338SOL    HW252727   1.794   0.564   0.922
  339SOL     OW52728   1.135   0.703   0.717
  339SOL    HW152729   1.192   0.781   0.692
  339SOL    HW252730   1.075   0.729   0.793
  340SOL     OW52731   1.755   0.607   0.231
  340SOL    HW152732   1.743   0.594   0.132
  340SOL    HW252733   1.725   0.526   0.280
  341SOL     OW52734   0.768   1.144   1.023
  341SOL    HW152735   0.690   1.161   1.083
  341SOL    HW252736   0.802   1.231   0.987
  342SOL     OW52737   0.850   0.798   1.823
  342SOL    HW152738   0.846   0.874   1.888
  342SOL    HW252739   0.872   0.834   1.732
  343SOL     OW52740   0.685   1.012   0.665
  343SOL    HW152741   0.754   0.996   0.735
力场用的是gromos53a6,我自己看了很久也不知道哪里出错了，哪位高手帮忙指点一下，都卡在那边动不了了。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2011-04-12 09:47:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Jfreda

铁虫 (小有名气)
★
御剑江湖(金币+1): 欢迎楼主详述解决的办法，好贴重奖！ 2011-04-13 09:21:14
这个问题已经解决了。
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2011-04-12 20:53:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 6 个回答

ruthxu

金虫 (正式写手)
Jfreda(金币+2): 2011-04-12 11:02:39
Jfreda(金币+5): 2011-04-25 12:40:02
4.5版本的好像要求mdp完整文件，你把mdout.mdp文件中设置好你的参数，重命名为em.mdp 再试试
赞一下 回复此楼
2楼2011-04-12 10:21:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Jfreda

铁虫 (小有名气)
好的谢谢，我试试看。
赞一下 回复此楼
3楼2011-04-12 10:35:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Jfreda

铁虫 (小有名气)
还是不行，会出现同样的错误提示，请问一下Source code file: toppush.c, line: 629
有这个文件吗？
赞一下 回复此楼
4楼2011-04-12 11:02:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 6 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 301求调剂 +3 细胞相关蛋白 2026-04-02 7/350 2026-04-02 16:11 by ffffjjjj
[考研] 321求调剂 一志愿 浙江工业大学生物医药 +5 嘿嘿HC 2026-04-01 6/300 2026-04-02 15:23 by sophie2180
[考研] 288求调剂 一志愿哈工大 材料与化工 +30 洛神哥哥 2026-03-31 32/1600 2026-04-02 14:49 by 赖春艳
[考研] 08工科求调剂290分 +5 1314捧花 2026-04-02 8/400 2026-04-02 13:16 by 乔哒哒哒
[考研] 262求调剂 +5 励志一定发文章 2026-04-02 6/300 2026-04-02 12:51 by yulian1987
[考研] 07生物学求调剂 一志愿同济大学359分 +3 LAMC. 2026-03-30 3/150 2026-04-02 10:26 by 18828373951
[考研] 324分 085600材料与化工 +20 呆鹅oor 2026-03-27 20/1000 2026-04-02 10:13 by oooqiao
[考研] 270调剂 +7 maxjxbsk 2026-04-02 7/350 2026-04-02 09:50 by yulian1987
[考研] 310分求调剂 +4 成功上岸wang 2026-04-01 4/200 2026-04-01 20:35 by liu823948201
[考研] 【求调剂】085601材料工程专硕 | 总分272 | +10 脚滑的守法公民 2026-03-27 10/500 2026-04-01 17:23 by pies112
[考研] 350求调剂 +7 阿佳～ 2026-03-31 7/350 2026-04-01 16:12 by yanflower7133
[考研] 英一数二生物信息学287分，本科生物科学，求调剂 +3 碧水xyz 2026-03-29 4/200 2026-04-01 15:35 by plum
[考研] 一志愿 南京航空航天大学 ，080500材料科学与工程学硕 +7 @taotao 2026-03-30 7/350 2026-04-01 14:30 by chenqifeng666
[考研] 张芳铭-中国农业大学-环境工程专硕-298 +9 手机用户 2026-03-26 9/450 2026-03-31 18:09 by 544594351
[考研] 083000学硕274求调剂 +12 Li李鱼 2026-03-26 12/600 2026-03-31 10:01 by cal0306
[考研] 297 地理学070500 复试求调剂 +3 小圆圈圈ooo 2026-03-30 3/150 2026-03-30 21:05 by 余震yz
[考研] 279求调剂 +12 j的立方 2026-03-29 12/600 2026-03-30 20:30 by dick_runner
[考研] 抱歉 +3 田洪有 2026-03-30 3/150 2026-03-30 19:11 by 迷糊CCPs
[考研] 340求调剂 +5 jhx777 2026-03-27 5/250 2026-03-28 04:18 by fmesaito
[考研] 一志愿吉大071010，316分求调剂 +3 xgbiknn 2026-03-27 3/150 2026-03-27 10:36 by guoweigw
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭