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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】grompp出错
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Jfreda

铁虫 (小有名气)

[交流] 【求助】grompp出错

grompp -f em.mdp -c tempwater.gro -p GLP-1R-Boc5_apo.top -o kor-em.tpr

Ignoring obsolete mdp entry 'cpp'
Back Off! I just backed up mdout.mdp to ./#mdout.mdp.1#
-------------------------------------------------------
Program grompp, VERSION 4.5.1
Source code file: toppush.c, line: 629
Fatal error:
Unknown atomtype HW
For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors
-------------------------------------------------------
"It Wouldn't Hurt to Wipe Once In a While" (Beavis and Butthead)
其中HW是水分子中的氢。

这是我的top文件
; Include Position restraint file
#ifdef POSRES
#include "posre.itp"
#endif
; Include POPC chain topology
#include "popc.itp"
; Include ligand topology
#include "Boc5.itp"
; Include water topology
#include "./gromos53a6_lipid.ff/spc.itp"
#ifdef POSRES_WATER
; Position restraint for each water oxygen
[ position_restraints ]
;  i funct       fcx        fcy        fcz
   1    1       1000       1000       1000
#endif
; Include topology for ions
#include "./gromos53a6_lipid.ff/ions.itp"
[ system ]
; Name
Title card required
[ molecules ]
; Compound        #mols
Protein_chain_A     1
UNK                 1
SOL             75128
POP               383

spc.itp文件
[ moleculetype ]
; molname       nrexcl
SOL             2
[ atoms ]
;   nr   type  resnr residue  atom   cgnr     charge       mass
#ifndef HEAVY_H
     1     OW      1    SOL     OW      1      -0.82   15.99940
     2      H      1    SOL    HW1      1       0.41    1.00800
     3      H      1    SOL    HW2      1       0.41    1.00800
#else
     1     OW      1    SOL     OW      1      -0.82    9.95140
     2      H      1    SOL    HW1      1       0.41    4.03200
     3      H      1    SOL    HW2      1       0.41    4.03200

gro文件
  328SOL    HW152696   6.933   8.639   6.114
  328SOL    HW252697   6.801   8.579   6.188
  329SOL     OW52698   7.655   9.446   6.221
  329SOL    HW152699   7.636   9.363   6.273
  329SOL    HW252700   7.572   9.475   6.173
  330SOL     OW52701   8.839   9.744   6.410
  330SOL    HW152702   8.779   9.773   6.335
  330SOL    HW252703   8.790   9.677   6.467
  331SOL     OW52704   8.925  11.871   6.960
  331SOL    HW152705   8.936  11.845   7.056
  331SOL    HW252706   8.827  11.871   6.937
  332SOL     OW52707  12.195   8.268   6.612
  332SOL    HW152708  12.122   8.215   6.569
  332SOL    HW252709  12.260   8.298   6.541
  333SOL     OW52710  12.310   6.909  11.525
  333SOL    HW152711  12.295   6.981  11.458
  333SOL    HW252712  12.369   6.838  11.486
  334SOL     OW52713  10.377  10.855  12.640
  334SOL    HW152714  10.365  10.953  12.652
  334SOL    HW252715  10.412  10.837  12.548
  335SOL     OW52716   9.895  11.732   6.991
  335SOL    HW152717   9.896  11.735   7.091
  335SOL    HW252718   9.802  11.745   6.959
  336SOL     OW52719   0.569   1.275   1.165
  336SOL    HW152720   0.476   1.268   1.128
  336SOL    HW252721   0.580   1.364   1.209
  337SOL     OW52722   1.555   1.511   0.703
  337SOL    HW152723   1.498   1.495   0.784
  337SOL    HW252724   1.496   1.521   0.623
  338SOL     OW52725   1.743   0.618   0.856
  338SOL    HW152726   1.776   0.712   0.856
  338SOL    HW252727   1.794   0.564   0.922
  339SOL     OW52728   1.135   0.703   0.717
  339SOL    HW152729   1.192   0.781   0.692
  339SOL    HW252730   1.075   0.729   0.793
  340SOL     OW52731   1.755   0.607   0.231
  340SOL    HW152732   1.743   0.594   0.132
  340SOL    HW252733   1.725   0.526   0.280
  341SOL     OW52734   0.768   1.144   1.023
  341SOL    HW152735   0.690   1.161   1.083
  341SOL    HW252736   0.802   1.231   0.987
  342SOL     OW52737   0.850   0.798   1.823
  342SOL    HW152738   0.846   0.874   1.888
  342SOL    HW252739   0.872   0.834   1.732
  343SOL     OW52740   0.685   1.012   0.665
  343SOL    HW152741   0.754   0.996   0.735
力场用的是gromos53a6,我自己看了很久也不知道哪里出错了，哪位高手帮忙指点一下，都卡在那边动不了了。
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1楼 2011-04-12 09:47:19
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ruthxu

金虫 (正式写手)
Jfreda(金币+2): 2011-04-12 11:02:39
Jfreda(金币+5): 2011-04-25 12:40:02
4.5版本的好像要求mdp完整文件，你把mdout.mdp文件中设置好你的参数，重命名为em.mdp 再试试
赞一下 回复此楼
2楼2011-04-12 10:21:07
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Jfreda

铁虫 (小有名气)
好的谢谢，我试试看。
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3楼2011-04-12 10:35:55
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Jfreda

铁虫 (小有名气)
还是不行，会出现同样的错误提示，请问一下Source code file: toppush.c, line: 629
有这个文件吗？
赞一下 回复此楼
4楼2011-04-12 11:02:12
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Jfreda

铁虫 (小有名气)
★
御剑江湖(金币+1): 欢迎楼主详述解决的办法，好贴重奖！ 2011-04-13 09:21:14
这个问题已经解决了。
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2011-04-12 20:53:15
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ruthxu

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by Jfreda at 2011-04-12 20:53:15:
这个问题已经解决了。

怎么解决的？
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6楼2011-04-12 22:07:19
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