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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 晶体解析 » 【求助】请教怎样加氢？
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梨花问雪

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】请教怎样加氢？

我的晶体基本已经解好了。就是想在O10上加上一个H变成桥羟基。
我看到那个解晶体的老师好像先Edit ins/res 然后再XL等

求具体怎样操作？怎样变成ＴＥＸ？怎样修改ＣＩＦ等？


在下这此先行谢过了。
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1楼 2011-04-10 17:01:38
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梨花问雪

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by ylhttzj at 2011-04-10 17:24:19:
CIF及 TEX 的产生
1.    EDIT *.RES 下加ACTA
2.    XL *
3.    XCIF
4.    输入文件名*
5.    STRUCTURE CODE [?]: 选T
6.    *.TEX
7.    多次回车
8.    FILE NAME EXTENSION FOR XCIF: DEF
...

您好，我按照您的方法怎么都没有做成功。您能不能说的再具体一点？

只要从我点XCIF开始，谢谢啊。
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5楼2011-04-12 12:09:45
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ylhttzj

至尊木虫 (知名作家)
梨花问雪(金币+1): 谢谢应帖。 2011-04-12 12:10:19
afix （将指定的原子坐标强制性的固定在指定的位置上，或者在指定的位置上产生原子）
    afix 3 表示固定H原子的坐标
    afix 13 表示固定垂直于某个平面的H原子的坐标
    afix 23 表示固定亚甲基上的H原子的坐标
    afix 137 表示固定甲基上的H原子的坐标（好像是afix 33）
    afix 43 表示固定类似于苯环上的H原子的坐标
  dfix （限定两个指定原子间的距离）
  hfix （限制氢原子在固定的位置上，如hfix 43 N6）
在原子的数字信息部分查找是否有H原子的产生（即付利叶计算出来的H原子），如果有则要把它固定起来（afix 2 表示固定温度因子，精修坐标；afix 3表示固定坐标，精修温度因子），以防在精修时其随处飘动，引起漂移值不稳定等。
保存后退出。
继续用xl精修，看是否符合标准（也可以省略此步，因为H原子还没有加完）
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2楼2011-04-10 17:20:12
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897614771

木虫 (正式写手)
我一般在这种情况下用理论加氢
不过这需要进行计算
就是写吧氢键当成一条直线
在修改
赞一下 回复此楼
4楼2011-04-10 17:44:49
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