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梨花问雪

金虫 (正式写手)


[交流] 【求助】请教怎样加氢?

我的晶体基本已经解好了。就是想在O10上加上一个H变成桥羟基。
我看到那个解晶体的老师好像先Edit ins/res 然后再XL等

求具体怎样操作?怎样变成TEX?怎样修改CIF等?


在下这此先行谢过了。
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ylhttzj

至尊木虫 (知名作家)


梨花问雪(金币+1): 谢谢应帖。 2011-04-12 12:10:19
afix (将指定的原子坐标强制性的固定在指定的位置上,或者在指定的位置上产生原子)
    afix 3 表示固定H原子的坐标
    afix 13 表示固定垂直于某个平面的H原子的坐标
    afix 23 表示固定亚甲基上的H原子的坐标
    afix 137 表示固定甲基上的H原子的坐标(好像是afix 33)
    afix 43 表示固定类似于苯环上的H原子的坐标
  dfix (限定两个指定原子间的距离)
  hfix (限制氢原子在固定的位置上,如hfix 43 N6)
在原子的数字信息部分查找是否有H原子的产生(即付利叶计算出来的H原子),如果有则要把它固定起来(afix 2 表示固定温度因子,精修坐标;afix 3表示固定坐标,精修温度因子),以防在精修时其随处飘动,引起漂移值不稳定等。
保存后退出。
继续用xl精修,看是否符合标准(也可以省略此步,因为H原子还没有加完)
2楼2011-04-10 17:20:12
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ylhttzj

至尊木虫 (知名作家)


梨花问雪(金币+3): 谢谢应助 2011-04-12 12:10:46
内容已删除
3楼2011-04-10 17:24:19
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897614771

木虫 (正式写手)


我一般在这种情况下用理论加氢
不过这需要进行计算
就是写吧氢键当成一条直线
在修改
4楼2011-04-10 17:44:49
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梨花问雪

金虫 (正式写手)


引用回帖:
Originally posted by ylhttzj at 2011-04-10 17:24:19:
CIF及 TEX 的产生
1.    EDIT *.RES 下加ACTA
2.    XL *
3.    XCIF
4.    输入文件名*
5.    STRUCTURE CODE [?]: 选T
6.    *.TEX
7.    多次回车
8.    FILE NAME EXTENSION FOR XCIF: DEF
...

您好,我按照您的方法怎么都没有做成功。您能不能说的再具体一点?

只要从我点XCIF开始,谢谢啊。
5楼2011-04-12 12:09:45
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ylhttzj

至尊木虫 (知名作家)


梨花问雪(金币+6): 非常感谢.您的文件对我帮助非常大。 2011-04-12 17:25:06
内容已删除
6楼2011-04-12 13:18:28
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