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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】基因序列的分析
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呆米11

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】基因序列的分析 已有5人参与

我克隆了一个基因的cDNA 全长怎样才能知道以下这些信息？

以下是某个基因的信息，是个例子：
推测该基因包括1 638 bp的开放读码框( Open read􀀁
ing frame, ORF) , 42 个碱基的5􀀂非翻译区( 5􀀂􀀁un􀀁
translated reg ion, 5􀀂􀀁UTR) , 365个碱基的3􀀂非翻译区
( 3􀀂􀀁untranslated reg ion, 3􀀂􀀁UTR) , 编码1个545个氨
基酸的多肽, 推测的分子量为60 400
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1楼 2011-03-29 18:43:44
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csdyg

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
dhd997(金币+8): 热心鼓励 2011-03-30 08:15:01
楼主一帖两发，我也跟你一帖两回。

楼主说的问题其实应该就是ORF Find和氨基酸序列分析。首先如果你拿到的是cDNA序列，你可以直接用NCBI的ORF Finder对你的序列进行分析，找到正确的读码框。

ORF Finder： http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/gorf.html

当然另外还有很多离线软件可以做这个工作，不过你要的序列分析也不是很复杂，ORF Finder完全可以了。

找到正确读码框后，一般说来cDNA的正确读码框上第一个ATG也就是编码第一个Methionine的这个三联密码子就是你的起始密码子，在这之前的序列就是5’非翻译区，英文叫5' untranslate region (5' UTR, 相信你听过这个概念) ，然后你找到你的正确读码框的第一个终止密码子（UAA, UGA or UAG，在你的cDNA序列上应该显示TAA, TGA 或者TAG），这之后的序列是3‘非翻译区。

至于蛋白序列的分析，你找到正确读码框之后，把这个正确读码框编码的氨基酸序列在网上随便找一个氨基酸序列分析在线软件，输入进去就可以得到预测的分子量了。

给你推荐一个：http://www.bioinformatics.org/sms/

上面这个网址进去，左面是工具列表，基础的生物信息学分析都能做了，包括ORF Finding和5'UTR, 3'UTR分析，包括蛋白质分子量预测，还有其他功能相信你也能用到。只是这个在线工具比较不人性化，没有那么多复杂的显示功能，如果你有生物信息学基础那用起来就方便的多。

需要注意的是，所有预测得到的ORF，3'UTR, 5'UTR等等都是软件预测结果，如果你要精确，还需要实验验证，最好就是3‘RACE 和 5’RACE。

希望能帮上你。
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4楼2011-03-30 04:38:41
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ls2046

铁杆木虫 (职业作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
你的是cDNA，应该全是编码区而不存在非编码区吧？要知道简单蛋白质等信息，用DNAMAN就可以搞定，要知道信号肽等信息可以用signalP3.0搞定，要知道3D结构，可以用SWISS MODEL搞定
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一品黄山
2楼2011-03-29 19:11:01
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65900931

银虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
RNA分为翻译区和非翻译区，反转录出来的cDNA是有非编码区的。编码区一般叫做CDS。可以通过查找起始密码子和终止密码子来确定，如ATGNNNNNNNNTAA。有很多线上工具可以分析。google一下就行了。
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3楼2011-03-29 20:38:04
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wleileiyu555

新虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
用NCBI上的ORF finder就行：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/gorf.html
蛋白分子量，等电点之类的就用ProtParam：http://au.expasy.org/tools/protparam.html
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5楼2011-03-30 13:12:08
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