| 查看: 16005 | 回复: 137 | |||||||||||
| 【奖励】 本帖被评价125次，作者御剑江湖增加金币 96.8001 个 | |||||||||||
| 本帖产生 1 个 模拟EPI ，点击这里进行查看 | |||||||||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||||||||||
[资源]
【分享】LAMMPS的语法中文解释
|
|||||||||||
|
lammps做分子动力学模拟时，需要一个输入文 件（input script），也就是in文件，以及关于体系的 原子坐标之类的信息的文件（data file）。lammps在 执行计算的时候，从这个in文件中读入命令，所以对LAMMPS的使用最主要的就是对in文件的编写和使 用。下面介绍一些关于in文件的事项 每一非空行都被认为是一条命令（大小写敏 感，但极少有命令或参数大写的）。 in文件中各命令的顺序可能会对计算产生影 响，但大部分情况下不会有影响。 每行后的“&” 表示续行（类似fortran）。 “#”表示注释（类似bash）。 每行命令中的不同字段由空格或者制表符分 隔开来，每个字段可以由字母、数字、下划线、或 标点符号构成。 每行命令中第一个字段表示命令名，之后的 字段都是相关的参数。 很多命令都是在需要修改默认值的情况下才 特别设置的。 in文件整体来看分为4个部分 1. Initialization 这一部分包含了关于计算体系最基本的信息， 例如： units: 单位系统(units style)，lammps现在提供包 括lj、real、metal、si和cgs几种单位系统。 dimension: 定义了两维或者三维模拟（默认是三 维）。 boundary: 定义了分子动力学体系使用的边界条 件，例如周期性边界条件或者自由边界条件等。 atom_style: 定义模拟体系中的原子属性，这一 命令与力场设置的参数中的原子类型（atom type）不 同。 pair_style: 相互作用力场类型，例如范德化势或者硬球势等。 bond_style: 键合相互作用势类型。 angle_style: 键角作用势类型。 dihedral_style: 二面角作用势类型。 improper_style: 混合作用势类型。 其他还有一些参数设置，例如newton, processors, boundary, atom_modify等。 2. Atom definition lammps提供3种定义原子方式： 通过read_data或read_restart命令从data或restart文 件读入，这些文件可以包含分子拓扑结构信息，这 一方法在续算上也很有用。 按照晶格的方式创建原子，这种方式不包含 分子拓扑信息，可能会用到例如如下的一些命令： lattice, region, create_box, create_atoms。 对已经设置好的原子可以用replicate命令复制后 生成一个更大规模的计算体系。 3. Settings 原子或分子的拓扑信息定义好后，就需要制定 一系列的设置，例如力场系数、模拟参数、输出选 项等。 力场系数可以通过例如这样的一些命令来 定义：pair_coeff, bond_coeff, angle_coeff, dihedral_ coeff, improper_coeff, kspace_style, dielectric, special_ bonds等。实际上力场系数也可以在关于体系的原子 坐标之类的信息的文件（data file）中制定，这样具 体参考read_data命令的相关介绍。 各种模拟参数可以由例如如下这样一些命令来 设置：neighbor, neigh_modify, group, timestep, reset_ timestep, run_style, min_style, min_modify等。模拟过程 中通过compute, compute_modify, variable等一些命令来 制定。而输出选项可以由thermo, dump, restart等一些 命令来设置。 4. Run a simulation 通常run命令被设置在in文件的最后，使用run命 令来开始一个分子动力学模拟的过程。另外，使用 minimize命令来实施能量最小化计算。使用temper命 令来进行复制品交换采样模拟。 其他一些重要的命令被分类列于如下： Initialization: atom_modify, atom_style, boundary, dimension, newton, processors, units Atom definition: create_atoms, create_box, lattice, read_data, read_restart, region, replicate Force fields: angle_coeff, angle_style, bond_coeff, bond_style, dielectric, dihedral_coeff, dihedral_style, improper_coeff, improper_style, kspace_modify, kspace_ style, pair_coeff, pair_modify, pair_style, pair_write,special_bonds Settings: communicate, dipole, group, mass, min_ modify, min_style, neigh_modify, neighbor, reset_timestep, run_style, set, shape, timestep, velocity Fixes: fix, fix_modify, unfix Computes: compute, compute_modify, uncompute Output: dump, dump_modify, restart, thermo, thermo_ modify, thermo_style, undump, write_restart Actions: delete_atoms, delete_bonds, displace_atoms, displace_box, minimize, run, temper Miscellaneous: clear, echo, if, include, jump, label, log, next, print, shell, variable 关于LAMMPS计算前后的处理问题，计算前 的原子初始形态文件的生成，由read_data读入一个 data文件，这个文件包括体系中各个原子的xyz坐标 等等相关参数，或者由其他软件生成并修改后符合 LAMMPS的输入文件格式生成。而计算后的输出， 因为LAMMPS不支持图形输出，需要借助第三方可 视化软件实现，例如VMD。LAMMPS的输出文件主 要可以分为三种：一种是log.lammps，这里面记录了 整个计算过程屏幕上显示的所有信息，可由thermo、 thermo_modify等命令控制；另一种是输出应力、能 量、原子位置、速度等等信息，由dump命令控制输 出文件；第三种是断点续算的restart文件输出信息， 由write_restart命令控制。 |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 资源收集 | 分子动力学第一性原理 | LAMMPS | 资源分享 |
| Amorphous cell | 科研工具特殊技巧 | 收藏 | 软件学习 |
| 分子动力学-初级问题资源 |
» 猜你喜欢
有多少人是今天查系统知道结果的？
已经有18人回复
-
有没有仍没收到信息的
已经有3人回复
-
导师吐槽：我怎么摊上了这么个极品研究生！
已经有8人回复
-
基金不中，共勉
已经有11人回复
-
麻烦专家们看看评委们的意见（F口面上）
已经有9人回复
-
2026年叶企孙基金
已经有6人回复
-
国自然面上复盘~欢迎讨论
已经有13人回复
-
基金系统什么内容也没有
已经有9人回复
-
为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难
已经有11人回复
-
怎么查啊
已经有6人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- lammps的时间步长问题
已经有16人回复
- 薄膜在lammps条件下的谐振
已经有5人回复
- 寻求lammps的应用 欢迎大家畅所欲言
已经有8人回复
- lammps中固定键长
已经有4人回复
- 【分享】尝试lammps中, 分享中...
已经有15人回复
- 【讨论】lammps-怪异的group温度
已经有9人回复
- 【讨论】lammps里的boundary的位置能够随意更改？
已经有14人回复
- 【讨论】LAMMPS 在高性能计算机上测试，这样的结果正常吗
已经有5人回复
- 【求助】Lammps 多机并行的问题
已经有11人回复
20楼2012-02-24 22:29:54
13楼2011-12-03 09:18:33
简单回复
yuzhoufw4楼
2011-06-15 10:54
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
xjli76楼
2011-06-16 11:35
回复
三星好评 顶一下，感谢分享！
2011-06-16 20:33
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
wmnick8楼
2011-10-26 21:02
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
0幽梦09楼
2011-10-28 12:47
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
zura10楼
2011-11-07 11:21
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
zhangliang811楼
2011-11-19 14:00
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
flyingabcde12楼
2011-11-29 21:01
回复
三星好评 顶一下，感谢分享！
43430413214楼
2011-12-05 13:08
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
30